以前、同様の質問に対して「DirectX Uninstaller」なるツールを紹介したことがあったのですが、こいつは(海外製なので当たり前なのかもしれませんが)Cドライブを決め打ちするようで、PC-98では使えないそうです。
一応、入手先URL→
http://www.ebrink.com/dxun/downloads.html 手作業な方法では Program FilesdirectxsetupDXDiag.lnk(DirectX診断ツール)を使ってDirectX7のファイルを確認、セーフモードかDOSから該当ファイルを削除、再度DirectX6.1を入れ直す、という手順でうまくいくみたいです。
#DirectX7で更新されたファイルはタイムスタンプが 99/09/09 07:00:00 で統一されているみたいなので、そちらで検索した方が早いかもしれません・・・?
ただ、一番安全確実なのはフォーマットからの再インストールだとは思いますが・・・(^^;)