多分、大丈夫だと思います。ウチの環境下１３ＧＢのＨＤＤの中でＷｉｎ９８とＷｉｎ９５が個別に住んでいますが、問題は発生していません。

ゴミ箱はＷｉｎ９８用ゴミ箱と９５用ゴミ箱がそれぞれ作成されますが、相互にリンクや影響はしません。どちらかのＯＳ上で削除されたかで、それぞれのゴミ箱へ捨てられて行きます。

例えば、Ｗｉｎ９８上にＡという文書ファイルがあるとして、これをＷｉｎ９５上で削除すると、Ｗｉｎ９５の方のゴミ箱へ移動され、Ｗｉｎ９８上では完全に削除されたファイルとされ、取り出すことは出来ません。元に戻す際には９５上のゴミ箱から取り出してやれば復元します。

Win95の時ですが、
HDDを交換するときにドライブを繋げ、
新たに繋いだドライブにWindowsを新規インストールし、
アプリをコピーした後動作チェックをして、
その後元ドライブを外したら
アプリケーションのパスが元のドライブに設定されてしまい
「パスが見つかりません」の嵐を食らった事があります。

それ以来、同時に使用したことはないです。

＃もっとも「コピーを一部だけ」をまともに解釈すると
＃別ライセンスを取得しないと違法になりますが・・・。

ちょっと前の話になりますが、マイクロソフトの回答として、複数のパーテーションにＷｉｎ９８をインストールしても、起動出来るのは１個だけだからＯＫ、という話がありました。
今でも、そういう見解なのかは知りませんが…
で、同じＷｉｎ９８だと、ちょっと危険ですねぇ。
同じ名前の作業ファイルを使用するんですから。
大抵は、自分のドライブの￥Ｗｉｎｄｏｗｓディレクトリーのファイルだけを使用するはずですけど、ごみ箱のように各ドライブ共通とか、ありますから…

マイクロソフトからの回答をアップしたのは私です。１ライセンス分の、複数パーティションへのインストールはＯＫです。この回答をもらったのは昨年１２月ですから、いくら何でもその後見解が変わったことはないでしょう。
ゴミ箱の扱いには多少問題があるかもしれませんが、それ以外は全く問題ないと言ってよいでしょう。Windowsの作業ファイルも、通常はWindowsをインストールした領域に作られますから、特に問題はないはずです。別ドライブに作られるのはゴミ箱と、何かのキャッシュファイルくらいかな。
ただしアプリ類は、共用しようなどというケチな考えを起こさず、それぞれ別の場所にインストールすることが重要です（普通にWindowsのパーティションに入れればよい）。
それらのアプリ類についても複数パーティションへのインストールが許されるかどうかという問題があって、これは一般的には言えませんが、多くのアプリの使用許諾書はWindowsほど厳しく書かれていません。多くの場合はＯＫと思われます。
私は長期にわたってWin95／Win98／（マシンによってはWinNTも）を１台のマシンに共存させ、それぞれを結構な頻度で使用しています。さらに加えて、「非常時用・引っ越し作業用の最小構成Win98」も入っていますし、ときには「動作テスト用Windows」のパーティションをアクティブにすることもあります。
トラブルに遭遇したことは一度もありません。

＞複数のパーテーションにＷｉｎ９８をインストールしても、
＞起動出来るのは１個だけだからＯＫ、という話がありました。

＞この回答をもらったのは昨年１２月ですから、
＞いくら何でもその後見解が変わったことはないでしょう。

確か、マルチブート可能なPC-98シリーズの存在を知らないような回答だと思いましたが・・・。
＃「PC-98シリーズの恩恵を最大限に発揮してやるぅ（；´Д｀）」みたいな
＃レスをしたような記憶があるのですが、その辺りが曖昧だと思いました。

そう言った訳で「まともに解釈すると」と書いたわけです。

具体的にPC-98および、AT機用のシステムコマンダーの名をあげ、複数領域へのインストールをしてよいかという質問を行いました。それに対して「問題ございません」という回答を文書で得ていますから、何の疑義もありません。

みなさん、ありがとうございます。いつのまにか使用許諾の話になってますね。
ライセンスについては、実はWIN98はＵＧ版とフルパッケージ版の両方を持っており、文字通り「別のWIN98」をインストール出来ますので、とりあえず大丈夫だと思います。（同じものをインストールでも問題なさそうですね＞かばさん）
現在使用のWIN98のバックアップ（フルコピー）をとるため、別ドライブに「別の」WIN98を入れておこうと思ったのです。結局は「ちょっと気持ち悪いけど問題なく使える」といったところなんでしょうか（笑）皆さん、ご意見ありがとうございました。