WindowsNT(含む2000)を導入するとそういった警告から無縁(?)になるでしょう。

今思いついた所では
1.それ以外の常駐ソフト(自分で入れたソフトやウィルスチェッカー)は全てはずす。
2.タスクバーのアイコン(ボリューム,PCカード,IME&IME切り替え)を全て非表示。
ですか。

　こちらのページ http://www.interq.or.jp/green/korokan/higawari.html の2000年3月15日、5月14日、6月29日の記事が参考になると思います。

　ただ、個人的な意見を言えば、質問で挙げられている四つを同時起動させなければ問題ないのであれば、本当に全てを同時起動させる必要性があるかどうかを見直して、もし必須ではないなら、同時起動させるアプリを二つか三つぐらいに抑えて運用すればいいだけのような気がします。
＃窓9Xはそもそもがそのようなものなんですから・・・(^^;)

ウチでは常駐ソフトが殆どないので、リソース不足の警告が一度も出たことがないです。
3〜4個のアプリの同時起動をしても問題なしです。
ですがCE9Aさんの仰るようにWin9x系だとリソース不足の呪縛から逃れることはできないですね、基本的には。

お使いの環境の常駐ソフトなどを書かれるといいかもしれませんよ。
あ、アクティブデスクトップはオフになってますか？

ＣＯＮＦＩＧ．ＳＹＳにＦＩＬＥＳ＝６０なんて行が
ありますけど、こんなのも影響しますか？

Windows98なら、IE統合環境を外すとまだましになります。
98liteで検索してみてください。