OEのメールフォルダーをデフォルトから、好きなところに変更されては如何ですか？
オプションのメンテナンスに保存フォルダーが有りますのでお好きなところに設定されるとよろしいかと。
そのフォルダーに設定されたら古いフォルダーの中身をコピーすれば今まで通りお使いになれます。
これでSETUPなどで間違えてもデータは消えません。
でもOE入れ直したりWinSETUPしたらまた同じ所に設定してあげるだけです。

別ドライブに指定すると良いでしょう。

＞OEのメールフォルダーをデフォルトから、好きなところに変更されては如何ですか？

ええ、それをやっていたのにクリアされてしまったのです。だから問題なのです。

メインのWin98SEのシステムとサブのWin98SE(Win98)のシステム、及びメールデータの保存場所のフォルダのあるそれぞれのドライブのドライブレターはどうなっているんでしょうか？
文章から察するに、ドライブレター（ドライブ）の関係で必要なデータが消えてしまったのかな？とも思ったりして。Win98をSEにアップグレードするときに消えてしまったんですよね。
私も通常ですと考えずらいんですけど、今はその位しか思い当たりません。
うーん、なんでだろ？すみません、答えになってないですね<(_ _)>

ドライブの割付は、drvasn98があててあるので少々複雑です。正確に言うと、
◎メインのWin98SE
Ａ：ＦＤ
Ｃ：SCSI-HD（Win98SE）
（途中省略）
Ｇ：IDE-HD（メールデータ）
◎作業用Win98
A:SCSI-HD（メインのWin98SE）
B:SCSI-HD（別のデータなど）
C:SCSI-HD（作業用Win98...このたびSEにアップデート）
（途中省略）
E:IDE-HDD（メールデータ）

となります。アップデートに際しては、当然ながら途中でdrvasn98の再セットをしてあります。
アップデート前に作業用Win98に組み込まれていた古いバージョンのＯＥでは、メールデータの保存場所はたぶんデフォルトだったと思います（使っていなかったので確信なし）。
ＯＳの変更などというものは、大事なデータはバックアップしてからやるべしという基本を怠ったための悲劇でしたが、ＯＳとアプリケーションとが一体となっているという、例の問題の現れと言えなくもありません。
本当に再現性のある現象なのか、それとも何か私の勘違いがあったのか、そのうち時間のあるときに調べてみようと思っています。

参考までにお聞きしたいのですが、
「*.dbx」というファイルが全てクリアされてしまったのでしょうか。
＃「受信トレイ.dbx」以外の、自分が任意に作ったメールフォルダ.dbxについてです。
ここら辺の状況によっても、一部違ってくるかも知れません…。

すべて初期化されてしまいました。
直前までメインのWin98SEでメール作業をしていて、受信したばかりのメールとか書きかけで保存していたメールとかが、大きなdbxファイルとして存在しているのを確認していました（そこまで確認していたのに、なぜバックアップしなかった！！）が、それらがすべて、小さな初期サイズになってしまいました。OutlookExpressへようこそ、とかいう受信メール２，３通だけが入った状態ですね。

参考までにお聞きしたいのですが、 (^^ゞ
作業用Win98では一度もOutlookExpressを起動していなかったということでよろしいでしょうか。
メールデータの保存場所はデフォルトから変更していないということでよろしいでしょうか。

＞一度も？
と聞かれたからには、正確にお答えしましょう。実はこのＯＳアップデートの直前に、「一度」起動しました。その目的は、この作業用Win98にもメインのWin98SEと同じメール環境を構築することでした。
サーバの指定etcを行ったあと、メインのWin98SEと同じメールデータ保存場所を指定しようとしたのですが、このWin98がSEでなかったため付属のＯＥのバージョンが古く、保存場所の指定方法がわかりませんでした（ツール・オプションの中にメインテナンスのタブがない）。
起動したＯＥ上では、何もメールの入っていない状態（初期状態のまま）です。そのメールデータがどこにあるかは確認しませんでしたが、メインのWin98SEで指定していた場所でないことだけは確かです。
そこでこの際、この作業用Win98もSEにアップデートしてしまえということになりました。アップデート直後に新バージョンのＯＥを起動し、メールデータの保存場所を指定しようとしたら、指定したい場所がすでに書き込まれています。ありゃと思って受信トレイを見たら何も入っていない、ファイラーで調べたらdbxファイルのサイズが小さくなっている、ということです。
メインのWin98SEを起動して、やはりデータが消えてしまったことを確認しました（涙）。

＞「一度」起動しました。
OutlookExpress４のことですね。
一度目を起動したとき保存先を聞いてくるはずですが・・・？
あとOutlookExpress４でアカウントの設定を行った環境にＷｉｎ９８ＳＥをインストールしたため「ＵＰＤＥＴＥ前のOutlookExpress４のデータを引き続いた」ということが予測できます。
つまり一度もOutlookExpress４を起動せずにＷｉｎ９８ＳＥにＵＰＤＥＴＥした場合は状況が違っていた、（メールデータが消えることはなかった）かもしれません。

詳細な説明ありがとうございます。
試してみましたがメールデータ消失という現象は確認できませんでした。
Xv20/W30
IDE HDD
　Ａ：　データ、メールデータは A:DataOutlook Express に置いています。
SCSI HDD
　Ｂ：　Windows98 SE＋IE5.01（常用）
　Ｃ：　TMPドライブ　今回はここにインストールしました。

次のようにして確認しました。
ＣドライブにWindows98をインストール
Outkook Express（4.?、確認するの忘れました(^^ゞ）を起動　この時、Outkook Expressに使用するフォルダを聞かれたのでデフォルトの C:WINDOWSApplication DataMicrosoftOutlook Express を指定
メールのアカウントを設定して、自分宛に送受信できることを確認
Windows98 SE（アップグレード版パッケージ）を上書きインストール
Outkook Express（5.0）を起動　データを4.x用から5.x用に変更するか聞かれたので変更する
先程自分宛に送ったメールが残っているのを確認
Outkook Expressに使用するフォルダは C:WINDOWSApplication DataMicrosoftOutlook Express から変化なし
A:DataOutlook Express をフォルダごと C:Outlook Express としてコピー
Outkook Expressに使用するフォルダを C:Outlook Express に変更
Ｂ：　Windows98 SE＋IE5.01（常用）から A:DataOutlook Express を見たときと変化がないことを確認

かばさんの場合は何が起きたんでしょうね。
お役に立てませんで(^^ゞ

どうもおかしいので、昨日と同じことをもう一度、ひとつひとつの手順を確認しながらやってみました（アップデート前のWin98をもう一つ保存していました）。
それで結論は、「データは消えませんでした」ということです。

となると昨日は、どこかで本当にデータを消してしまったのでしょうか。
＞メールデータの保存場所を指定しようとしたら、指定したい場所がすでに書き込まれて．．．
と書きましたが、もしかしたらその前に、寝ぼけて変なことをしたのかもしれません。

無意識のうちにその保存場所の指定をした上、「すでにメールデータがあるようですが、切り替えますか上書きしますか」の問いに、わざわざデフォルトではない上書きを選んでしまった、とまでやると、以前のデータは消えてしまいますよね。
アップデート前のＯＥ４の最初の起動の時に、同様のことをした可能性もあります。

あとから考えると「どうしてこんなことを」というのが、過失というものの常です。そして一番大事なことは、個人の作成したデータの定期的バックアップでしたね。３週間前のでしたがデータのバックアップがあったので、本当に助かりました。

みなさん、おつき合いいただき、ありがとうございました。