まず「丸ごとバックアップ」と書かれていますが、どんなソフトを使ってどのような方法でバックアップされましたか？
当然「丸ごとバックアップ」の操作手順があったならマニュアルにもリストアーの方法も書かれていると思うのですが・・・使ったソフトによってリストアーの方法も異なります。

使用機種が書いていないのでトップページのコメント「PC‐98上で動作するOS、ソフトウェアの事ならこちらへ！」に準じてPC-9821として。

どのようにしてバックアップしたのか、何かソフトを使ったのかわかりませんが、私の知っている限りだとCD-ROMに丸ごとバックアップしてリストアできる方法は、まりもさんのソフトしか知りません。
一般に、CD-R焼きソフトの機能としてのバックアップは98はサポートしていないはずです。

そのまま戻すと、読み取り専用属性のままです。

Win95環境だと仮定して書きます。
１．書き戻したいドライブとは別のドライブにWin95をインストールする。
２．インストールしたWin95から書き戻したいドライブにシステム転送する。
３．インストールしたWin95のエクスプローラでＣＤ−Ｒから書き戻したいドライブに全てコピーする。
４．書き戻したドライブ内の全てのファイルのファイル属性から読みとり属性を外す。
５．書き戻したドライブを起動させてみる。ＯＫならおしまい。

こんな手順でいけます。

すいません。
使用環境はPC-9821Xa7/C8でWin98です。ソフトはただ単純にEasy CD Creatorなどで保存しただけです。
もしよろしければgamoさんが書かれている「まりもさん」のソフトや、他にもリストアーなどちゃんとしてくれるソフトなどを教えていただけると大変助かるのですが…

手動でやる場合はWin95もWin98も手順は一緒で、４．の方法で出来ます。
ただし、書き戻す環境がWin95で別ドライブにインストールするのがWin98だったりするとシステム転送の手順が若干異なります。

通常、丸ごとコピーしただけの物をリストアしてくれるソフトは無かった様な........
まりもさんの物で出来るかどうか判りませんが、
http://homepage1.nifty.com/marimono/opening.html
からＤＲＶＣＰＹ２９をダウンロードして試してみて下さい。

丸ごとコピーしたものをYUPDATE（Version 2.59）でリストアしてます。
リストア時に読み取り専用属性を外すオプションもあります。
http://www.valley.ne.jp/~kazu-ma/

ありがとうございます。
色々と試してみて自分に一番あったものを使ってみます。
色々とアドバイスありがとうございます。