SCSI BIOSの段階では認識しているのでしょうか？Windows98のデバイスマネージャー上はどうなっているのでしょう？
CD-ROMの型番が書いてないので、ATAPIかSCSIかわからないのですが、もしIFC-USP-M2に接続しているようでしたら以下の点を確認してみて下さい。

　＃CD-ROMドライブのジャンパピンの設定（マスター/スレーブ）
　＃SCSI IDの設定
　＃SCSI BIOSのデバイススキャンの設定。
　＃ターミネーターの設定

MS-DOS上でIFC-USP-M2に接続したCD-ROMドライブを認識させるにはASPIマネージャを組み込む必要がありますが、Windows98上は自動認識するはずです。
現状でどのように認識しないか、もう少し詳しく書かれてみて下さい。
ほかにチェックするところがあれば識者の方お願いいたします。m(_ _)m

レスありがとうございます。

＞SCSI BIOSの段階では認識しているのでしょうか？
詳しくは分かりませんが、IFCにつけてないので認識してないと思います。

＞Windows98のデバイスマネージャー上はどうなっているのでしょう？
CDROMの欄自体がないです（><。

＞CD-ROMの型番が書いてないので、ATAPIかSCSIかわからないのですが、
初期についていた場所と同じで、ATAPIです。型はCDV-AB24でアイオー製です。

＞詳しくは分かりませんが、IFCにつけてないので認識してないと思います。
＞初期についていた場所と同じで、ATAPIです。型はCDV-AB24でアイオー製です。

そうでしたか。ATAPIでM2には接続していないのですね。失礼いたしました。
まず念のためドライブとマザーを繋いでいるIDEケーブルの接触不良を確認してみて下さい。
次に「システムのプロパティ」→「パフォーマンス」→「ファイルシステム」→「トラブルシューティング」と開き、「32ビットプロテクトモードの〜」と書いてある項目のチェックが外れているか確認して下さい。
次にレジストリエディタを開いて「HKEY_LOCAL_MACHINE」→「System」→「CurrentContorolSet」→「Services」→「VxD」→「IOS」とキーをたどって開いて、
「NOIDE」「Noide」「noide」等の項目がないかチェックしてみて下さい。
もしある場合は削除するのですが、レジストリを変更する事になり若干危険ですので念のためバックアップを取ってから行ってみてください。

当方でIFC-USP-M2接続のHDDから起動しても、標準のIDE接続のCD-ROMは問題なく認識したのですが・・・お使いの環境を詳しく書かれるとよりレスが付きやすいと思いますよ。
例えば、どういう機器をどのように接続して、どのような手順でWindows98をインストールし、現状どうなっているか、等書かれるとレスが付きやすいかもしれません。
あと、お使いのCD-ROMドライブのマニュアルにトラブルシューティングは書かれていないでしょうか？手元に同じ製品がありませんのでわからないのですが、もしかしたら解決策が載っているかもしれません。もうご確認済みでしたらすみません。
あまりお役に立てなくて申し訳有りません。m(_ _)m

割り込み、失礼します。
よその掲示板でほぼ同じ内容で投稿が有りましたがIFCにつけたHD（起動ドライブ）とまえに使っていたOSいりのHD（IFCについてない状態）を２つつけてIFCのHDから起動すると、CDROMを認識してくれるといいう方と同じ方でしょうか？（ＨＮ違うので）
としますと、どうやらあちらで付けたレスはバイザーさんのレスから見て外れてますので見捨てておきください。（別の方でしたらたいへん失礼なことをもうしましてすいません）
お役にたてませんで。m(_ _)m

>まず念のためドライブとマザーを繋いでいるIDEケーブルの接触不良を確認してみて下い。
問題ありません。

>次に「システムのプロパティ」→「パフォーマンス」→「ファイルシステム」→「トラブルシューティング」と開き、「32ビットプロテクトモードの〜」と書いてある項目のチェックが外れているか確認して下さい。
次にレジストリエディタを開いて「HKEY_LOCAL_MACHINE」→「System」→「CurrentContorolSet」→「Services」→「VxD」→「IOS」とキーをたどって開いて、
「NOIDE」「Noide」「noide」等の項目がないかチェックしてみて下さい。
見てみましたが、該当する項目は見つかりませんでした。

>例えば、どういう機器をどのように接続して、どのような手順でWindows98をインストールし、現状どうなっているか、等書かれるとレスが付きやすいかもしれません。
説明不足でした。実はOSはCDROMからのインストールではなく、前の状態でIFCにHDをつけ
そこにCDの内容をコピーしてのインストールでやりました。
起動ディスクで起動してもCDROMを認識してくれなかったので・・・
前のHD（OSいりIDE）をつなげて起動すると前のOSでWIN98になりCDROMは認識してくれます。

＞あと、お使いのCD-ROMドライブのマニュアルにトラブルシューティングは書かれていなでしょうか？
マニュアルはなくしてしまいました。 うかつでした。

＞あまりお役に立てなくて申し訳有りません。m(_ _)m
いえいえありがとうございます。

＞よその掲示板でほぼ同じ内容で投稿が有りましたが同じ方でしょうか？（ＨＮ違うので）
同じ者です。('';

IFCにつけたHD（起動ドライブ）とまえに使っていたOSいりのHD（IFCについてない状態）を＞２つつけてIFCのHDから起動すると、CDROMを認識・・・
一度目はIFCのWIN98で起動してCDROMを認識してくれましたが、なぜか2度目以降
IDEのまえのWIN98が起動するようになりました。もちろんIFCのHDもCDROMも認識してます。

>役にたてませんで。m(_ _)m
いえいえありがとうございます。

>一度目はIFCのWIN98で起動してCDROMを認識してくれましたが、なぜか2度目以降
>IDEのまえのWIN98が起動するようになりました。もちろんIFCのHDもCDROMも認識してます
tabキー（？Q&Aで確認してください）押しながら起動してHDブートドライブの選択画面をだして起動HDDを指定できないのでしょうか？

>tabキー（？Q&Aで確認してください）押しながら起動してHDブートドライブの選択画面をだして起動HDDを指定できないのでしょうか？
HDを２つつけてTABを押しながら起動したら、選択画面が出ました。
そこで、IFCのHDを選択したら、WIN98が起動する前に”WIN98を起動します”
とかの画面が出るときのDOS画面で”CDROMが組み込み可能です”とでたので
お、いけるかも と思ったのですが、なぜかまえのHD（IDE)で起動してしまい
ました。
ちなみに、そのときの状態はA：前のIDE接続のHD、B：IFCにつなげた新たなOSが入っているHD、C:フロッピー、で、CDROM認識されずです。

>DOS画面で”CDROMが組み込み可能です”
dos用ドライバ入れてますね（でもわたしの範囲では関係なかったのですが・・・）。
環境が違うので試しに一応、config.sysのdevice=neccd?.sysとautoexec.batのMSCDEXの行をremにして起動医してみてください。（ゴミかもしれません）

autoexec.bat等でＡドライブで起動するようになっているとか、という気もしますが識者の方々どう思われます？（セットアップ時に何かMSかNECのチェックFILEだか設定FILEだか有るような気がしましたが）

>環境が違うので試しに一応、config.sysのdevice=neccd?.sysとautoexec.batのMSCDEXの行をremにして起動医してみてください。
a:のautoexec.batをメモ帳で見ましたがなにも書き込まれていませんでした。（0K)
a:のconfig.sysはdevice=neccd?.sysはありませんでしたが、device=A:WINDOWScommand
eccd.sysはありました。これでしょうか？
config.sysの内容をコピペします。
device=A:WINDOWShimem.sys /TESTMEM:OFF
device=A:WINDOWSEMM386.EXE RAM
devicehigh=a:windowskkcfunc.sys
devicehigh=a:windowshrtimer.sys
DEVICE=A:WINDOWSCPUCHK.SYS
DEVICE=A:WINDOWSSETVER.EXE
device=A:WINDOWScommand
eccd.sys
DOS=HIGH,UMB

REM please remove below for NEC
REM devicehigh=A:WINDOWSiling.sys
REM devicehigh=A:WINDOWSjfont.sys /p=A:WINDOWS
REM devicehigh=A:WINDOWSjdisp.sys
REM devicehigh=A:WINDOWSjkeyb.sys /106 A:WINDOWSjkeybrd.sys
REM devicehigh=A:WINDOWSansi.sys
REM end remove

REM Tip: Put the real-mode driver for your CD-ROM in here.
REM It won't be used by Windows 95, but it will be used if you
REM choose "Restart your computer in MS-DOS mode" from
REM the Shutdown menu in Windows or if you choose F8 and select
REM one of the Startup menu options that let you enter into MS-DOS
REM instead of loading the Windows 95 GUI.
REM
REM Be sure the information following the /D switch on the CD-ROM
REM driver matches the information following the /d: parameter on
REM MSCDEX loaded in Autoexec.bat.

なにかお分かりでしょうか？よろしくお願いします。

>a:WINDOWScommand
eccd.sys
これがＤＯＳ（モード）用のＣＤＤのデバイスドライバーとおもいます。普通はこの後ドライブ名（ドライブレターでなく）をOEMCDとか適当な名前をoptionで指定するのですが？
ここで指定した名前はMSCDEXでも指定します（しないとＤＯＳで使えない）。
REM Tip: Put the real-mode driver for your CD-ROM in here.
REM It won't be used by Windows 95, but it will be used if you
REM choose "Restart your computer in MS-DOS mode" from
REM the Shutdown menu in Windows or if you choose F8 and select
REM one of the Startup menu options that let you enter into MS-DOS
REM instead of loading the Windows 95 GUI.
REM
REM Be sure the information following the /D switch on the CD-ROM
REM driver matches the information following the /d: parameter on
REM MSCDEX loaded in Autoexec.bat.
ここで説明してるみたい（単語忘れていて訳せないけど）。
試行錯誤しながらでも（ってオイ；起動ディスクが手元になくDOSから入れたらしい）config.sysでfilesとbuffersのみ指定でもインストールは出来ます。
（途中でfilesの値をいくつ以上にしろとか、言ってきますので直して再起動）
scandiskが出来ませんが（プロテクトメモリが使えないから）、しない選択をすれば継続してくれます。
（なお、上のconfig.sysですけど、２台使うとすべて旧ＩＤＥのFILEを使う設定になってます。ちょっと違いますが9800ではＩＤＥ(orSASI）、SCSIの順にドライブレターがわりあてられます（この場合起動ドライブ関係なし・物理的に割り当て）

別の方法としてはＦＤ起動ディスクを作りそれをformat /SしたHDDにすべてコピー、config.sysとautoexec.bat中の“a:”でAドライブ指定している行をすべて“b:”に書き換え、ＣＤの9800用CABSの入っているフォルダ（win95フォルダ）をフォルダごとコピーし、再起動、フォルダ内のsetupを実行という形でしてみてください。