確かデュアルブートできないマシーンではブートする際に特殊なブート選択画面がでるプログラムを起動していたような気がします。その場所がＣドライブだと思うので、再インストールした際に消えてしまったと思います。故に、Ｗｉｎ２Ｋ再インストールもしくはそのプログラムを作る？しかないと思います。
プログラムに関しては、私はちょっとよくわからないです。すいません。

http://www.geocities.co.jp/SiliconValley/2040/w2k/index.html
ここの「セットアップ」の項目の中に、同じようなQ&Aがあります。

Windows95／98系は、MBRの一部を自動的に書き換えてしまいます。ＯＳマルチブートはWindows９５系を先にインストールしろと言われるゆえんですね。
　システムコマンダーとかが常駐してあれば、バックアップから書き戻すこともできますが……WIN2Kの再インストール以外に方法あるのかな？

ありゃりゃ、書いている間にレスが……ちなみにシステムコマンダーはディスクマネージャー等のBIOSだましのソフトにも対応していて、超便利です。

WIN2Kをデュアルブートでインストールする場合、WIN98（Ｃドライブ）のブートセクタを
書き換えるそうです。よってＣドライブをフォーマットしてしまうと起動できなくなく
なるそうです。多分WIN2Kも もう一度インストールする必要があると思います。

私もWブート環境で（W98＆W2K）W98のみ再セットして慌てた事があります。
でもW2kの修復セットアップでW2Kの再インスト無しで修復できますよ。
W2Kのセットアップを始めて
修復オプションで”R”キーでシステム修復処理を使って修復を選び
次画面でMキーで手動修復を選択してください。後はEnterキーでPCが勝手に修復されます。

WIN2Kに対応したシステムコマンダーは、もう発売されているんですか？
最近パソコンショップにも書店にも行っていないので、情報不足ぎみです。
WIN2Kの起動ディスクを入れて、fdisk /mbr だったかな？、または、
fdiskで、Ｄドライブをアクテブに戻せばよいかも。？
自分で試したことがないので不確かです。m(__)m

Win2Kはどうなのかわかりませんが、OSローダの再インストールだけでいけたはずです。
http://hp.vector.co.jp/authors/VA001240/article/ntldr.html
は古いですが、ご参考になさってください。

そういえば、この質問と同じような内容が
今月のWindowsStartに掲載されていた気がします。

皆様沢山のレス有り難うございました。