うーん、確認させてください。

１　もしかして再起動する度に時間が少しずつ遅れていくのか？
２　ほっとておいても時間が遅れていくのか？

１だとするとハード的な事情もあるのでマメに時計を合わせてやる必要があります。(^^;

２だとすると、ちょっと分かりません。時計保持用の内蔵電池がイカれてきているとその症状が出やすいです。急にトンデモな時間に変わってしまう・・とかだとコチラですが。

＞日付と時刻の設定では時間が変えられないようなので

え？調整が出来ない状態ですか？マウスでクリックしても無反応とか・・？？

＞ちょっと気になることはWindows2000のインストールのとき誤って時間の設定を変えてしまったことです。関係あるかな？

多分「地域」とかのあたりですね。
うーん、あまり関係は無いかと思いますが。f^^;
所詮設定ですし、戻したのならばダイジョウブかと。

＞え？調整が出来ない状態ですか？マウスでクリックしても無反応とか・・？？
すみません。調整はできました。日付と時刻のプロパティーの時刻の横にあるボタンが押せなかったのでできないものだと勘違いしてました。
症状は一週間で1分くらいのペースで遅れていく感じです。どうでしょうか。

CPUは何でしょうか？CPUを換装しているとその様な症状が出る恐れが有ります。

機種はPC-9821Ra20/N30ですからPenntium Proです。

＞症状は一週間で1分くらいのペースで遅れていく感じです。どうでしょうか。

クオーツの温度特性で遅れるのであれば、PCの内蔵時計は電源の断接で温度差が結構激しいので、その程度ではないでしょうか？
腕時計が案外正確なのは体温で粗一定の温度で使われているからと昔何処かで読んだ様な気がします。
私はSakura WatchでSNTPサーバに合せてます

一週間で１分くらいですと・・ですね。
マメにズレを直すか、桜時計系のソフトで同調させるしか無いかな、と。
PCの時計の動作って、意外とアバウトと思ってよいかと。(^^;