追伸・アンインストールしたら直りましたが、再びインストールしたらまたおかしくなりました。

お使いの環境等が書かれていないので、レスが付けにくいのですが、「アイコンの整列」をしてもアイコンの間隔が開いてしまうのでしょうか？

＞画面のプロパティからは治せませんでした。

恐らくグリッドの大きさが変わってしまったのではないかと思いますので、
「画面のプロパティ」→「デザイン」→「アイコンの間隔」でも直せないのかな？
外してたらごめんなさい。

OSはWin９８と９５です。アイコンの縦の間隔を30から34以上に変えたら直りました。
ちなみにアイコンは３０、横間隔は25です。アイコンはなるべく詰めて並べるようにしていたんです。今まで何とも無かったのにIEをバージョンアップしたら駄目になってしまいました。でもとりあえず直ったのでいろいろ試してみます。バイザーさん有難うございました。
追伸・アイコンの整列では直りませんでした。

あ、直ったようですね。よかったです。
Windows98は環境、インストール方法等により細かい点が変更されてしまったりするようですね。
私も先日クリーンインストールをしたのですが、以前と同じ方法で行ったにもかかわらず細かい点が違ってきてしまいました。
もっとも、自分で同じつもりでも何かしら違う方法でセットアップしていて、それに気づかないだけかもしれませんけど。(^^;)

グリッドの間隔は開いていた方がメモリを消費しないようですが、あまり開きすぎるとなんか変ですよね。
（いい加減ランチャーの導入をしないとデスクトップが煩雑になってきた・・・）