的はずれなレスだとは思いますが、我が家でも、Win98SEにしてから、何かをインストール or アンインストールした後は、パスワード入力画面の後に保護エラーが起きてしまいます。症状が同じようですので、”全くお勧め”出来ませんが、我が家の回避方法を　(^^;
　不正終了した次の起動時にスキャンディスクが行われると思います。うちでは、何故か、そのスキャンディスクを行うことによって、正常起動するようになります（スキャンディスクを行わないと、確実に同じ時点で保護エラーが起きます）。
　役に立たないレスかも知れないので、もっと確実な方法がこれ以下のレスにあることを祈ってます（苦笑）。

　もしかして[IOS.VXD]では？
　Win98(SE?)-CD中のファイルとマシン中のファイルのタイムスタンプを見比べて見て下さい。
　(又はCloneCDのCD中のファイルとマシン中のファイルのタイムスタンプ)

＃IOS.VXDの入れ替えはかなり危険だと思うので、最後の手段して取って置いて下さい(^^;;。

ゴミレスかもしれませんが・・・。
ウチのマシン（V16M7C3）Win98でも、似たような症状が起こりました。
ウチの場合は必ず「電源を切れる状態になりました」という画面に持っていって終了しないと、次に起動するときに必ず保護エラーになります。
Safeモードで起動して、終了まで持っていってみるとどうでしょうか？
・・・全然対応策になっていませんね。ゴミレスですみません。

適当に書き殴ってすみません。詳しく状況を説明しますと、OSはWIN98（ノーマル）で、AthlonのAT機です。保護エラーが出るのはWINDOWS起動中で、アニメロゴが消えて左上に文字入力のカーソルが出ているときです。その際に．．．
アニメロゴ→ロゴ消える→SCSI機器の認識→LANの設定→保護エラー、
という感じになっています（各機器の動作ランプを見る限り）。因みに保護エラーが出て動作が止まった直後にSCSIのCD-Rドライブに何故かアクセスが一瞬入ります。CD-Rドライブを外してみましたが、やはり保護エラーで止まります。

＞GREENさん　
当方、ノーマルWIN98です。また、スキャンディスク後も同じエラーで停止してしまいます

＞愛犬ももさん　
それだぁ〜！。と一瞬思いましたが残念?なことに差し替えられてませんでした。3週間ほど前のバックアップが一応存在するのですが、私の予想に反してvxdには改変はなかったようです。

＞祐原ショウさん　
我が家はATX電源で、WINDOWS終了時に自動的に電源が切れました（最終起動時）。またSafeモードで終了させましたが、状況は変わりませんでした。

引き続き、アドバイスよろしくお願いします。
一応「CloneCD」の配布元です。
http://www.elaborate-bytes.com/english/corp/index.htm

結局WINDOWSフォルダを古いバックアップで上書きして収拾しました。年末から正月にかけて色々いじったのが元に戻ってしまい残念ですが、仕方がないですね。

それはそれとして「CloneCD」自体には興味があります。WEBを見てみると保護エラーが出たらIE5を入れれば直る、とあったのですがSafeモードでIE5ってSETUP出来るのでしょうか？それ以前に既にIE5は入っていたのですが(^^;。
困難は多そうですが、ここまで苦労した以上使ってみたい（試用）気がします。どなたか正常に使っている方はいらっしゃいますでしょうか？

過去にＤＶＤ−ＲＯＭ（IDE）とＣＤ−Ｒ（SCSI）を接続している環境でＮｅｒｏまたはＷｉｎＣＤＲなどをインストールすると、エラーがでるということがありました。そのソフト関係のＶｘＤのファイル名を書き換えると正常動作します。
（例）Ｎｅｒｏ．ＶｘＤ → Ｎａｒｏ．ＶｘＤ
しかし、書き込むときＤＶＤから読み出しができなくなりますが・・・

＞あっちさん
＞そのソフト関係のＶｘＤのファイル名を書き換えると正常動作します。

その方法、とても興味があります。我が家にはDVD-ROMはありませんし（ATAPIのCD-ROMでも同じかもしれませんが）、どうせ読み出しにはRを使うので。ただC:WindowsSYSTEMIOSUBSYSには「CloneCD」のものと特定出来るvxdが見つかりませんでした。インストールしたフォルダにもありません。どうもそういった情報（インストール情報など）が書かれたファイルも見つけることが出来ませんでした。通常はどの辺のフォルダに入っているものなのでしょう？

私の場合、まず　．ＶｘＤの拡張子のファイルをすべて検索しその中で１つづつ該当するファイルを見ていきました。該当しそうなファイルはファイル名をみたらすぐにわかると思うのですが・・・？
Ｎｅｒｏの場合、ソフト側がＤＶＤを認識した時点でダメになります。（例え読み出しをしなくても）

私もエラー中はその方法で直そうと思ったのですが、上記の通り見つかりませんでした。で、WINDOWSフォルダ以下を上書きして直った所を見ると既存のファイルと同名のファイルを上書きされたか、当初の予想であるvxdとは何の関係も無かったかだと思われます。
一応WINDOWSフォルダ以下の中にあるvxdは100個程度だったので一個ずつ調べても何とかなるのですが、もう一度ヤツをインストールしてから、となると億劫なので止めておきます(^^;

ご協力ありがとうございました