Rv20 + P6ODPx2 + WinNT4WS + SP5 で使っております．
私がいつも行っている方法(といってもまだ2回のみ)を紹介したいと思います．
＃もっといい方法があるとは思いますが・・・．

新しいHDDを"HDD-1"(9GBとでもしておきましょうか)，古いのを"HDD-2"と呼ぶことにします．

1."HDD-1"，"HDD-2"のSCSI-IDをそれぞれ"0"，"1"と変更しておきます．
2."HDD-1"の前半の方にWinNTを普通にインストールします．
　最低限の環境で十分ですが，最終的に欲しい大きさで領域確保してパーティションをきって下さい．
　このWinNT(newNTとしておきます)で起動すると当然このドライブが"A Drive"になります．
3."HDD-1"の後半部分にもう一度WinNTをインストールします．
　0.5GB位の領域に最低環境で十分です．
　このWinNT(tempNTとしておきます)で起動するとこのドライブが"B-Drive"になると思います．
4.tempNTで起動すると
　　A Drive : newNT
　　B Drive : tempNT　(今立ち上がっているOS)
　　C Drive : 今までのNT
　になると思います．
　ここでエクスプローラか何かで C drive の内容を全て A Drive に上書きコピーします．
5.tempNTを終了してnewNTを起動します．
6.時に問題ないようでしたら tempNT，今までのNTを消去します．

わざわざtempNTをインストールするのは稼動中のWinNT自身のセキュリティ情報ファイル
(SAMファイルというんでしたっけ？)を普通にはコピーできないからです．
＃rdisk.exe を使うと上手くいくのかな？

＃WinNTのリソースキット読むと修復ディスクとか作って
＃もっとスマートにやる(らしい)方法が載ってるんですが，
＃どう理解し間違えているのか，上手くいかないんですよねぇ．
＃boot.ini の編集の仕方もよくわからないし，
＃AT互換機にのみ通じる内容なのかNEC98にも通じる内容なのかもわからないし・・・

私の書いた方法，時間はかかりますが，最後まで旧環境を消さないので
失敗しても何回でもやり直すことが出来ます．

全く違う方法としてはシステムバックアップソフト(私は BEI UltraBac 使用)を使って
フルバックアップ→新HDDにリストアという方法もあります．

＃もっと簡便な方法がありましたら誰か教えてください．

　柴山さんがお書きになった理由(稼動中のWinNT自身のセキュリティ情報ファイル〜)があるのでコピー作業は別領域のOS上から行う必要があります。
＃コピー元、コピー先がFAT16ならば窓9Xでも問題ありません。NTFSならばNT4.0がもう一つ必要になりますね。

　で、何らかの方法でNT領域の全てを新しいHDDにコピーして、元と同じドライブレターになる状態にした後、NT4.0のセットアップディスクから起動して修復セットアップを選択、「ブートセクタの修復」を行えば元通り起動できるようになります。
＃このとき最新の修復ディスクを求められるので、事前にrdisk.exeを使って作成しておきます。

　つまるところ、基本的には窓9Xの丸ごとコピーと一緒です。問題となるところの窓9X(DOS)のSYSコマンドに相当するのが修復セットアップのブートセクタの修復だということでよろしいかと思います。

柴山さん、ＣＥ９Ａさん　詳細なＲＥＳありがとうございました。
ＮＴ初心者には、いろいろハードルがあって悩みが多いです・・・
参考にさせていただいて、ＨＤＤの交換に取り込みたいと思います。多謝！