自分も、以前にいたプロジェクトで似たような現象が多発した事があり、興味があったので少し調べてみました。

その中で、autodisconnect の説明について「クライアントがフォルダを開いてる場合は切断されない」と
気になる事が書かれたサイトがありましたので、以下の環境でテストしてみました。
・サーバ側(以下S)：WinXpProSP3　autodisconnectを1に設定(＝1分)
・クライアント側(以下C)側：WinXpProSP3　KeepConnなどの設定は行わず(規定値600秒＝10分)
・サーバ・クライアントともアンチウイルスはavast!を導入

1.(C)側でエクスプローラを起動し、(S)の共有フォルダに対し「\(S)sharefolder」の様にアクセスする
2.(S)側で「net session」(または管理ツールのセッション項目)で(C)の接続を確認
3.1.で起動したエクスプローラをそのまま放置すると、(S)側でアイドル時間のカウントが開始される
4.しかし、(S)側でアイドル時間が1:00を超えても、(C)の接続セッションは削除されない
5.この状態で1.のエクスプローラを終了すると、(S)側で(C)のアイドル時間がリセットされ、再度カウントが開始される
6.このまま(S)側でアイドル時間が1:00を超えると、接続セッションは削除される(監視間隔が数秒なのか、1:05位で削除されることが多かった)

という事で、共有ファイル自体にアクセスしている場合は当然として、エクスプローラなどで
共有フォルダにアクセスしている(上記3.と4.の状態)だけでも、自動切断の対象にはならないようなので、
アイドル時間による接続セッションの削除は、正直余り役に立たない感じがしました。

＃共有ファイル自体でも、ファイルを開いた後に上書き保存などのアクションを起こさない場合、
＃サーバ側でアイドル時間のカウントが始まります。当然その共有ファイルを閉じない場合、
＃アイドル時間がautodisconnectで設定した時間を超えても、接続セッションが自動で削除される事はありません。

ファイルサーバに仕事の資料などを配置して参照・更新する場合など、その共有フォルダにアクセスした
エクスプローラを最低1つ位起動したままで作業するPC(というか人)は結構居ると思います(自分も良くやります)し、
仮に各PCの利用状況がそんな感じになっているとしたら、結局自動切断されずに最大接続数を超えてしまうのかなと思います。

なので上記の仮定が原因とした場合、対策としては以下のどちらかになるのではないでしょうか。
a.各PCのメンバーに、共有フォルダにアクセスしたエクスプローラはこまめに終了するように徹底する
　はっきり言って一時凌ぎの不完全な対策(症状の緩和にしかならない場合も)で、メンバーの作業効率も
　低下するかもしれません(特に共有フォルダと共有ファイルの数が多ければ多いほど)が、費用が掛かりません。

b.ファイルサーバとしてライセンス的に同時接続数制限の厳しいWinXPは止めて、別のOS(WinServer系など)やNAS等を導入する
　根本的な解決策ですが、導入コスト(費用・作業)が掛かります。

詳しい解説はDEN_EI氏の仰る通りなのでその辺りについては割愛

最近のマイクロソフトのクライアントOS（Serverでは無いXPや7等）は使用許諾内に同時接続数の制限があるようですので
根本的な解決はやはり b の別OSへの移行かNAS等の導入しか無いでしょうね