書き忘れていましたが、作者別でフォルダを作り、その中で時期やジャンルで分ける際に、
圧縮をかけていたので、書庫ファイルは大量にあります。
そのため、フォルダごと指定して、中の書庫を一括でチェックできるものがあれば嬉しいのですが、
そこまで都合のよいものはないでしょうか？

それらの書庫の圧縮形式も書いたほうがよいです。
＃機能としてはあるのに、いざ使おうとしたら書庫の圧縮形式に非対応というのでは意味がありませんので。

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書庫内部のフォルダ構造を無視して全ファイルのファイル一覧を表示したり
ファイル名やWindows側の関連付けに基づいて書庫内のファイル一覧のソートを行えるソフトとして
LHUT32というソフトがあります。

ファイル一覧を名前順やファイルの種類でソートすれば
CGローダーのカタログファイルやThumbs.dbが一箇所に集中しますので
それらを一括して選択して削除を実行すれば、書庫から選択したファイル群をまとめて削除できます。

難点は、書庫内の編集が行えるのはLHA形式だけだったような気がする点と
動作させるには外部DLLではUNLHA32.DLLが必須である点
さらに現在はメンテナンス停止どころか作者のページが消失している点です。
＃まだVECTOR上で配布されていますので、入手自体は可能です。

手動で個々の書庫を処理する必要はありますが、自分はLHUT32を挙げておきます。

レスありがとうございます。
一時期、試しで作ったもの以外は、主にzipで圧縮しています。
更に古いものだと、lzhもありますが、そちらは少ないです。

残念ながら、そのツールでは一括で削除することができそうにありませんが、
教えていただき、ありがとうございます。
もう少し、探してみます。

遅レスですが、EXPLZHで良いのでは？
現在はフリーソフトになってるはずですし・・・。