圧縮を掛ける前に本当に必要なモノが溜まりに溜まってドライブを満杯にしているか吟味されては どうですか？
無駄な費用は掛けたくない という思いからドライブ圧縮を選択されているように お見受けしますが、そう言った類の逃げ対処療法は後々 厄介な問題を引き起こす要因となるので私は お奨めしません。

必要データの増加に伴う対応費用(HD等の追加等)はＰＣを使い続ける以上、絶対に逃れられない必要経費と考え外付けＨＤやＮＡＳ型ＨＤの追加を検討する案を推奨します。

一時的なデータ退避目的ならＣＤ−Ｒに焼くなり、時間が掛かっても良いならｆｔｐで別のＰＣやサーバ領域へ逃がす手段もあります。

どちらにせよ必要データの吟味は避けて通れない道ですので腰を据えてじっくりと検討してみてください。

自分もドライブ圧縮はおすすめしませんね
CPUやメモリがより必要になりますし、そもそも98はそれほど安定していませんでしたから、圧縮ドライブの構造上最悪すべてのファイルにアクセスができなくなる可能性もあります

ちなみにドライブ圧縮をする場合、どんなファイルが入っているかが重要です htmlやtxtなどが多数なら圧縮が効きますが、jpgやmpg、mp3など画像や動画、音楽ファイルが主であれば圧縮をしても無駄ですしかえって遅くなるだけです

　皆様ご回答ありがとうございました。やはり圧縮はしない方がいいんですね。
　古い雑誌を参考にしながら、もうメインドライブのアキが５メガぐらいしかなく、デフラグがハングアップしてしまう状態です。けれどもどのファイルを削除しても問題がないのかがわからず、困っています。

いしかわ さんのres.が全てを言い尽くしています。私も圧縮は止めた方がよいと思います。

システムドライブだけが一杯という状況ならば、マイドキュメントを別パーティションに逃がし（例えばDrive B:にMyDocumentフォルダを作って、そちらをリンク先にする）たり、ソフトのインストール先をシステムドライブ以外にする（例えばDrive B:にProgram Filesフォルダを作って、そちらにインストールする）、SWAPファイルを他のドライブに逃がすなどの工夫で、しばらくはしのげます。もっとも、
＞古い雑誌を参考にしながら
ということであれば、この辺はもう実行されているのでしょうか。

削除してもよいファイルは環境によって違うので、うかつなことは言えないのですが、取り敢えずIEのcacheファイルは削除しても普通は大丈夫です。（必要なcookieを消さないように気をつけて下さい。）
それとシステムフォルダ（A:WINDOWS）のTempフォルダの中は普通は削除しても大丈夫なんですが、たまに行儀の悪いソフトが使っていることがあるのでご注意を。

この２カ所を空にするだけで通常はかなり空くのですが、これらを行った上でなおシステムドライブが
＞もうメインドライブのアキが５メガぐらいしかなく
という状況であれば、一度データや設定をバックアップした上で、Windowsをインストールし直し、最初からシステム、アプリケーション、データを全て別ドライブに分け、更にSWAPファイルをシステムドライブ以外に作る位しか手はないように思えます。

うーん、、自分は、メルコのADVANCED BIOSというものをよく知らないのですが、もし20GBのほうにOSをインストールできるのであれば、幸い5GBずつにパーティションを切られているようですから、先頭のパーティションをなんとかして空けて、マスターにしてそこにOSをインストール、その後外していたシステムのHDDをスレーブにつなぎ、データを空けた5GBのところに移動した上で、2つのパーティションをひとつにする というのはどうでしょうか?
メインのHDDはおそらく2GBもないんじゃないかと思うので、どのファイルを消したらいいかわからないというレベルなら、どのファイルを消していいかわかっている20GBの方を消せればなんとか、、と思いますが、、
しかし標準のHDDと違うところにインストールするわけですから、バックアップCDからは再インストールできないかもしれません そのへんを理解してないと進められないですけどね、、(汗

あとこのPCだとなにを増設するにも、単体では難しいのですよね、、べつのPCはもっているのですか?

＞メルコのADVANCED BIOS

自分も詳しくは知らないのですが、IPLwareと同じような方法で読み込ませてパッチを当てるものらしいです。

すでに増設したHDDはデータ用として使っているのでディスク圧縮を使われているとのことですが、
システムパーティションは絶対にディスク圧縮をしてはいけません。
システムが破損しやすくなる上、動作速度低下が著しいです。

＃ディスクの空きが5MBしかないとなると、多分実行できないと思いますが、、、

IEのキャッシュは、
IEの「ツール」->「インターネットオプション」->全般タブ内の「ファイルの削除」
で消すことができます。
また、IEの同じ全般タブのなかになる「履歴のクリア」も実行することをお勧めします。
ただしこれら処理にはなぜか時間がかかるので、IEがしばらく無応答になりますが
根気強く待てば問題なく終わります。

＃元々のHDDが2GBですから、特にいじっていなければ少なくとも50MB程度の空きが得られると思います。

また応急処置として、コントロールパネル内の「アプリケーションの追加と削除」のWindowsファイル？（名称失念）タブ内の
・「アクセサリ」を選択して詳細ボタンをクリック -> スクリーンセーバーと壁紙のチェックをはずす
・「マルチメディア」を選択して詳細ボタンをクリック -> サンプルサウンドとサウンド設定のチェックをはずす
とそれなりの容量が空くはずです。
元々インストールしていない場合はまったく効果がありませんが、、、

とりあえず一時的な空き容量を確保した後、データの退避やHDDの増設を行うことをお勧めします。

そういえば、Recentフォルダ（スタートメニュー内の「最近使ったファイル」の本体）に大量のリンクファイルが残っている場合もあります。
どこに保存したか忘れている場合は面倒ですが、このフォルダの中身は消してしまってもまったく問題ないファイルなので
一時的に空き容量を得るためには有効な場合があります。

「タスクバーのプロパティ」->スタートメニュータブ内の「クリア」ボタン
で消せるはずです。

＃リンクファイル（.lnk）はファイル容量が非常に小さいので、大量に存在するとディレクトリエントリとクラスタを消費するだけのゴミの山となります。（汗

V13S5/C2の元々のドライブは1.2GBで、Cドライブ1GB,Dドライブ200MBになっているはずですが、このパーティション分けは変更されていますか？

Windows98なら最低でもCドライブは2GB欲しいところですので、この際HDD交換も視野に入れられたほうが良いでしょうが、V13S5は4.3GBまでのHDDしか認識できません。
現在のHDDを有効活用されるのでしたら、DBI-N20GTをメインドライブにしてしまう方が良いかと。

　皆様アドバイスありがとうございました。
　あれからもう一度メインドライブを見てみたところ、プレインストールされていた一太郎の文例集が残っているのを発見し、それらを別のドライブに移したら、50MB近いアキができました。
　今度は別のトラブルが発生したので、それを相談に別枠で質問します。