一応確認させて下さい。
・ＰＣの具体的な型番(例：PC-9821Xv20/W30)
・インストール先ＨＤの構成(例：内蔵ＩＤＥ4.3GBでＡドライブ２ＧＢ＋Ｂドライブ２ＧＢ)
・インストールするＯＳの種類(例：本体付属のＷｉｎ９５＋Ｗｉｎ９８アップグレード版)
などなど、具体的な手順を示すにも情報が足りません。

ブートディスクで立ち上げてSETUPしてやりゃあ、いいのよ！

DOS関係で必要なファイルが何であるかがわかっていれば、それらをＢドライブにコピーしたあとでＡドライブをフォーマットし、ＯＳを再インストールするだけです。

フォーマットは再インストール時にできる場合もありますが、Windowsの起動ディスク（まだ作ってなければ「コントロールパネル・アプリの追加削除・起動ディスク」で作れる）で起動し、「format b:」（ＦＤで起動したときはドライブ名がずれて普段のＡドライブがＢになるので注意）とするのが確実です。その前に「dir b:」「dir c:」をやってみて対象ドライブを確認しておくのがよいでしょう。あるいはfdiskのメニューから、今までWindowsが入っていた第１ドライブ領域を削除・再確保するという手もあります。

製品版ＯＳ、アプリ込みのバックアップＣＤからのインストールいずれの場合も、添付のシステムインストールディスクで起動して指示通りにやればよいと思います。ただし後者の場合は「簡単セットアップ」（というようなメニュー）を選択するとＨＤ全体を初期化する場合がありますから、この点だけは気をつけて下さい。

現状をなるべく維持したままで、かつクリーンインストールに近い状態できれいに
Windowsをインストールし直したいときは、私の場合、次のようにします。

まずWindowsを起動してから、

1)WindowsのCD-ROMの「WIN98N」を、空きに余裕があるドライブにコピーする。

2)再起動。このとき、MS-DOSで起動する。CD-ROMのことは考えなくてもいい。

3)「REN WINDOWS 123」を実行。
(Windowsフォルダの名前を123とかに変更。名前は123でも456でもなんでもいい／笑)

4)WIN98Nをコピーしたフォルダに入って、SETUPを実行。
(DOSのコマンド操作は分かりますよね？)

超手抜きですが(笑)、これでインストールが開始されると思います。

WIN98Nをコピーしたフォルダ＞
……変な表現ですみません、WIN98Nフォルダごとマウスでコピーしてくれればいいです。
上記の方法だと、起動ドライブやDOSでのCD-ROMドライブの認識などを考えなくて
いいのでラクですよと、それだけの話なんです。かえってややこしく感じられたら、
正攻法でどうぞ。(^_^;

みなさん、返答ありがとうございます
当方の環境は9821Xn/C9W
内蔵HDは殺していますSCSIで4.3GBと340MBで、4.3GBでAドライブ2GB+Bドライブ2GBで、AドライブにWindows98が入っています。Bドライブは空きが1.8GBあります。
OSはWindows98を再インストールしたいのです。
山本さんが言われたのが一番簡単ですかね？
WIN98Nをコピーしたフォルダに入って、SETUPを実行。
(DOSのコマンド操作は分かりますよね？)＞DOSコマンドわかりません(^^ゞ
コピーした98ｎのフォルダーでsetupを実行で、元々のwindows98はどうなるんでしょうか？後から削除なんですか？（Aドライブの98ｎフォルダーをBドライブにコピーして名前を変更して、コピーした98Nフォルダーのsetupを実行ですよね？名前を変更したのは、もとの98Nフォルダーですか？）
何か変な質問かもしれませんね(^^ゞ
やはり正攻法がいいんですかね？
Aドライブの中身をすべてBドライブにコピーしてエクスプローラーのAドライブの右クリックからフォーマットして、それからまたAドライブにWindows98をインストールして、それから
BドライブのWindows98以外をまたAドライブに戻しては駄目なんでしょうか？ややこしいですが・・・・・よろしくお願いします

えっと、まずWindows98はコンピューターを起動したディスクにインストールされます。そのため起動ディスク（Windows98上で作成したもの）から立ち上げて、CD-ROMかHDDにコピーされたWin98nのセットアップをしても「容量が足りない」旨のエラーが出て先に進みません。
よって容量に余裕のある、起動ドライブとしたいHDDからコンピューターを起動して、そこからのセットアップになります。
（PC-98の場合Aドライブを起動ドライブとするのが普通なのですが、PC-98はマルチブートが出来るのでAドライブ以外にインストールしてもWindows98は起動できます。その場合はドライブレターに注意が必要ですが。）

＞Aドライブの中身をすべてBドライブにコピーしてエクスプローラーのAドライブの右クリックからフォーマットして、それからまたAドライブにWindows98をインストールして、それから
BドライブのWindows98以外をまたAドライブに戻しては駄目なんでしょうか？ややこしいですが・・・・・よろしくお願いします

だめです。Windows98上でAドライブをフォーマットしてしまうとコンピューターが立ち上がりません。まあBドライブ以降にシステムが入っていれば別ですが。

まず、最低限のMS-DOSの知識は必要になると思います。これは本や色々なサイトで勉強してみて下さい。（私も完璧ではないので、間違えるといけないので。）
現在お使いのWindows98のシステムが不調なのでインストールし直すんですよね？一からのクリーンインストールでしたらこの方法になります。その場合、今の環境でインストールしたソフトは使えなくなります。
（レジストリを使用したソフト、という意味です。新たにインストールしてあげれば使えますけど。）
よって最初に現状の環境で使っているソフトをアンインストールします。もしソフトのインストール先が分かっているのならば後でそのファイルを削除すればいいのですが、もしお分かりにならなければアンインストが簡単です。もちろんこの際に大事なデーターはバックアップして下さい。
次にAドライブにある必要なファイルをBドライブに避難させます。
後はCD-ROMからWin98nフォルダをBドライブにコピーして、（上で山本さんが仰ってます）
起動ディスクで立ち上げ、Aドライブ（この状態だとBドライブ）をフォーマット、（上でかばさんが仰ってます。）起動ディスクの内容をすべてAドライブにコピーして（これでAドライブからPCを立ち上げられます。）Win98nフォルダの「Setup.exe」を実行すればいいのです。
そのほかにも色々な方法があります。（基本的には同じかと思いますが。）フォーマットしたドライブから立ち上げるためにMS-DOSのシステムを作らなければなりません。

蛇足ですが、Windowsのインストールの方法は過去に沢山投稿がありますので、過去ログを是非ご参照下さい。また、専門に解説しているサイトもいくつかあると思います。検索してみて下さい。

中途半端で申し訳ないのですが、皆さんの過去の貴重な情報を是非活用なさってみて下さい。

ども、山本です。私の紹介した方法は手抜き流(笑)ですが、確実なのはバイザーさんの
方法ですね。とにかく、必要なフォルダをあらかじめBドライブにバックアップして
おくわけです。容量に余裕があれば、Windowsフォルダ以外のすべてのフォルダを
そっくりBドライブにコピーしてしまってもいいと思います。Windowsフォルダも、
もしIEを愛用しているなら「お気に入り」のバックアップくらいはとっておいた
ほうがいいかもしれません。

参考に、Windowsをインストールするうえで必要になると思われるDOSのコマンドを
いくつか紹介します。

(1)DIR ……ファイル一覧を表示する。重要。
(2)REN ……ファイル名やフォルダ名を変更する。
(3)EDIT ……コマンドというより、テキストエディタ。重要。
(4)ATTRIB ……ファイルの属性を変更する。重要。
(5)SYS ……DOS起動に最低限必要なシステムファイルを転送する。
(6)FORMAT ……ご存じ、フォーマットコマンド。
(7)CD ……チェンジ・ディレクトリ。ディレクトリ(フォルダ)を移動する。
(8)FDISK ……FDISK。

こんなもんかな。他に何か思い出したらまた書きますが。

DOSは基本的に、[コマンド名] [その対象] という文法です。
たとえば、Aドライブのファイル一覧を表示したいときは、

DIR A:

となります。同様に、BドライブのWin98Nフォルダの一覧を見たいときは

DIR B:win98n

です。コマンドの性質によっては、[対象]を省略できることもあります。
setupコマンドなんかがそうですね。使い方などは、「/?」オプションをつけて
そのコマンドを実行することで、簡単なヘルプが表示されます。
たとえば DIRコマンドの使い方を知りたいなら、

DIR /?

ですね。カンのいい人なら、すぐにコツを覚えて使いこなせると思います。
以上は概要です。WindowsをインストールするためだけにわざわざDOSを勉強するのも
ナンセンスかもしれませんが、必要な知識には違いないし、この際に簡単なガイドブック
でも買ってなじんでみるのもいいと思います。少なくとも、メーカー指定以外の方法で
Windows環境を立てることを考えるなら、(多少の)勉強が必要でしょうしね。
バイザーさんもおすすめしていますが、過去ログや参考サイトなどもありますし、
なんとかなるだろうと思いますよ。

PC-98にWindows95/98をインストールするには，バイザーさんのおっしゃるようにインストール先のドライブから起動してsetup.exeを実行するのが原則ですが，（95からのアップグレードでない）製品版のWindows98を，他の領域にもWindowsやdosの入っていない環境にインストールする場合は，添付のインストールＦＤで起動してセットアップすることができます。
といっても，インストール先のドライブから起動して．．．という手順を自動的にやってくれるだけですが。

あ、既に皆さんから詳細な手順が(;^^)←完全出遅れ

みなさん、レスありがとうございます。
とりあえず、勉強しながらやってみようと思います(^^ゞ
まだ、まだ勉強不足です・・・・(^^ゞ

ゴミですが [REN]ではディレクトリ(フォルダ)名の変更はできなかったかと…[RENDIR]が正工法だったはず 本題と関係なくて ごめんなさい(u_u)

DOS6.2まではRENDIRだったけど、Windows95のDOS7ではRENひとつで
ディレクトリ名の操作もできたと思いますよ。
思います、というのは、すべてのリビジョンで有効かどうかは自信がないもので。(汗)

＞Windows95のDOS7ではRENひとつでディレクトリ名の操作もできたと思いますよ
誤った情報を書いてしまいました。山本様 ご指摘 ありがとうございます。根っからのDOS派な者で…(言い訳)＞ゴミ確定

>ブートディスクで立ち上げてSETUPしてやりゃあ、いいのよ！
PC-98では通用しません。ここはPC-98とAT互換機の話題が入り混じっているので、まずどのプラットフォーム上の話題なのかを確認するようにしてください。“WIN98ｎ”で分かった人がほとんどだと思いますが。