奇妙な症状に陥っているため相談します。

環境
PC-9821V200/M7C2（青札タワー）
Windows98SE+InternetExplorer6.02
常駐物はウイルスバスター2002リアルタイムモニターとB'sCLIPのみ。

状況
突然、インターネットエクスプローラー(以後IE)とエクスプローラが正常に起動しなく
なりました。過去三ヶ月、ソフトをインストールしたりシステム環境が変わるような
操作は一切行っておらず異常発覚の前日まで正常に動作していました。

スタートメニューやタスクバー上のクイック起動などではＩＥは起動し、既に起動
しているブラウザ上からファイル＞開く(O)でHTMLファイルを指定すると問題無いのに
PC上のフォルダに保存されているHTMLファイルを直接クリックしたりすると、２〜３分
ほどフリーズ？してから立ちあがるという謎な挙動をします。ネットサーフィンなどの
ページ切替ではそういう問題はありません。
固まっている時、Ctrl+Alt+Deleteで状態を見てみるとmsgsrv32やHTMLファイルの
格納されているフォルダが応答無しになっている事があります(何も異常が表示されて
いない事もあります)。

エクスプローラの方は、任意のフォルダを右クリックでホップアップメニューの開く(O)や
エクスプローラ(E)では開けるのに、Wiundowsキー+Eでは起動しません。
スタートメニューのプログラム＞エクスプローラは起動したり２分間応答無しに
なってから起動したり、そのままフリーズしたりします。
ちなみに、両エクスプローラ周りの異常を除けば、ファイル操作やソフトの起動などは
正常に動作しているようです。
念の為に別のＰＣにバックアップを取っていますが、エクスプローラが不安定なので
ＬＡＮ接続した他のＰＣ上からファイル操作するという面倒臭い方法で操作しています。

スキャンディスクやインターネットエクスプローラの修復、システムファイルチェッカーなど
いろいろと試しましたが何の異常も検出されず効果もありませんでした。特定ファイルが
壊れていると言う事もないようです。
ウイルスやスパイウェアが原因かと思い調べましたが、これも違うようです。

いよいよとなれば再インストールも覚悟ですが、バックアップするファイルの量が
膨大なので、可能ならば原因を究明して復旧したいところです。
事態を打開する取っ掛かりだけでもありませんでしょうか。
どうか皆様のお力をお貸し下さい。