＞ＨＤＤは544Ｍの壁があるタイプですが、
＞ＰＣカードに刺してある1GBのＣＦカードはなぜか使えています。
＞見たとこ、ＩＤＥハードディスクコントローラとして認識しています。

これは正常な動作のはずです。

＃本体のHDDの壁の問題は、I/Fの仕様の問題＝ハード的な問題です。

＞最大で何ＧＢまで認識可能でしょうか？やっぱり２ＧＢ？

＃OSがWindows95ということですが、Windows95無印/Windows95aと見なしてよろしいのでしょうか？

確か、2GBまでのCFはFAT16で管理しているので、そのまま使えると思います。

2GBを超えるものに関してはFAT32で管理しているという話を聞いていますので、
Windows95のVer.の問題以外にも何か制約があるかもしれません。