私も98スタイル?が好きでAやBにW2Kを入れてます。新規インストでCより前のドライブレターにするオプションは無いようですんで、Cに新規インストール後、レジストリをいじってAとかに変えてます。
最低限のオプションでWindows2000 Serverを新規インストール
K. IwataさんのRegGrep (
http://hp.vector.co.jp/authors/VA012967/)を使ってレジストリ内のC:を全てA:に置換
レジストリエディタで
HKEY_LOCAL_MACHINESYSTEMMountedDevices\nDosDevicesA: を DosDevicesE: AのFDDドライブをE(適当な空きドライブ名)
DosDevicesC: を DosDevicesA: RegGrepの操作に合わせる
再起動後スワップファイルの設定をAにあわせる
とりあえずこんな感じでFile/Printer/Web/Ftp/Pop3/SMTP鯖として使ってますけど、今のところこれに起因する不具合と思えるような症状は出てないです。