拡張子博物館に登録は無いようですが、gogleで検索したら"Java ARchive"なるものが見つかりました。
ＩＥ６云々ではなく同時期にJavaARchive関連のツールを導入されたとか？＞ゴミかも

jarファイルというのは、簡単に言えば
Java関連のモジュールを纏めて圧縮したもので、構造はzipファイルと同じです。
＃Javaのクラスライブラリとかですね。
Javaの処理系は実行モジュールやクラスライブラリがjarやzipで圧縮されていても
展開して参照・実行するようになっています。

で、
＞IE6sp1でZIPファイルをダウンロードしようとすると、拡張子が "jar" に
＞勝手に変わってしまうという不具合に悩まされております。
ぽんさんの言う様に、Java関連の何かを入れたからかもしれませんね。
＃でも、自分の環境にもJ2SE(JRE)やらTomcatやらEclipseやら入れてますが、特におかしなことは…。
とりあえずは、落としたjarファイルをzipにリネームすれば何の問題も無いのですが…やっぱりすっきりしませんね(^^;;;。
＃ちなみにいつも使っている圧縮・解凍ソフトは何ですか？

RESありがとうございます。
さて、Java関連の何かを入れた覚えはまったくありません。
圧縮・解凍ソフトはExplzhを使用しています。
ただ、気まぐれでDeacesに変更したこともあります。
結局、使い勝手の面で馴染めず、Explzhに落ち着いているのですが…。