初期構成ということは、SC-98IIIにも、なにもささっていないのでしょか？
というか、なぜ刺さってるのか…。
で。
「途中でひっかかる」ですが、無視やスキップということは、「ファイルが読みこめません」だかその系列のエラーが出ているかと思いますが、そのエラー内容がわからないとなんとも。
付属のWindowa95が入ったということで、CD-ROMドライブは無罪として、Windows98のディスクになにか問題ですかな？

で。で。
エラー内容ですが、そのファイルをレジストリかiniファイルから見つけ出して、どのディレクトリにいるべきものかを調べて、そのディレクトリに、動いている９８か、Windows98のディスク内から抽出して書き込めば直るかと。

エラーは無視＆スキップのせいかと思われますが。

星ーさん、早速のレスありがとうございます。説明が足りなくて、申し訳ございません。
構成ですが、初期のHDD、CD-ROM、FDDで、SC-98IIIみ増設してあり、SCSI機器は、
全く接続しておりません。インストール中のエラーですが、内容は、書留忘れて、
しまいました。ただ、「ファイルが読み込めません。」であったことは、確かで、
その際、CD-ROMがＱになっていると思ったので、Ｑドライブを指定しましたが、
有効なドライブがないと出たので、無視やスキップをしたのは、確かです。
それで、現在、win98上でも、やはり、CD^ROMは、Ｑになっております。
ＡＴ互換機とは、違うということは、わかっているのですが。
インストール中のＱドライブ指定が間違っていたのでしょうか？
あと、そのファイルをレジストリかiniファイルから見つけ出して、どのディレクトリに
はいるべきものかを調べて、そのディレクトリに、動いている９８か、Windows98の
ディスク内から抽出して書き込ぬというのは、私には、難しそうですが、簡単なもの
でしょうか？どのファイルかさえ、わかっておりません。
お手数では、ございますが、何かわかれば、解決策をご指導下さい。
宜しく御願い致します。

多分ゴミ決定ですが‥‥

SC-98IIIに何も接続していないのなら、外してからインストールしては如何ですか？

それと、製品付属のWin95からアップグレードする場合、「NEC PCサポートキット for Windows 98」なるツールを適用して、アップグレードに障害となるドライバ類の切り離し、アップデート等を行った上でWin98にアップデートし、再度サポートキットを適用する必要があります。この手順は行っていますでしょうか？
もし行っていない場合、このサポートキットは店頭では最早入手不能のはずですので、
http://121ware.com/
より、「サポート」→「Windowsアップデート情報」→「Windows(R)98」又は「Windows(R)98 Second Edition」と進んで、そこの記述に従ってみて下さい。

＞星ーさん
って、星一（星新一のお父さん）かと思った‥‥/(^_^;;;;
#ホントのゴミ

えーと、Ｗｉｎ９８セットアップディスクから起動すると、たしか、ＲＡＭＤＩＳＫができたような気がしますが、ＲＡＭＤＩＳＫって、ＣＤ−ＲＯＭより後ろでしたっけ？
最近、ＰＣ９８でセットアップやってないんで（汗）
※いあ、ＲＡＭＤＩＳＫの位置によって、セットアップ後のＣＤ−ＲＯＭドライブの位置、かわるなーと。

で。
まぁ、Windows98をまっさらな状態から入れたとして（そうでない場合はi96968さんのでよろしくです）
動いているＰＣ９８のWindows98があるなら、ファイル表示のオプションを「すべて表示」にして、先のファイルを「検索」すれば出てきます。
そのファイルが居るフォルダと、同じ場所にそれをコピーすればいいはずです。
ＣＤ内の圧縮ファイルのほうは…ちとむずかしいかと（汗）

HDDに余裕があるならCD-ROM内にある「Win98n」をHDDにコピーしてから
インストールしてみては？

※95からのUPGは面倒なだけなのでやらない方がよいです。^^;

Win98の起動Diskで作成されるRAM DISKは実ドライブの直後です。
んでもって、CD-ROM Driveは伝統的にQ:固定です。
だからほとんどの場合CD-ROM Driveのドライブレターが変わることは無いです。

皆様、色々なアドバイスありがとうございます。レス遅れてスイマセン。
休みなので、自宅より、カキコミさせていただきます。i96968さん御紹介の
HPから、プログラムをＤＬして、win95＞win98のアップを試みましたが、
キーナンバー入力後、upが始まると、「不正な処理を行いました・・・・」の
窓が出て、インストールできません。ちなみに、使用しているwin98は、正規品です
ので、問題ないです。あと、会社のPC環境は、他にＰＣ９８機はなく、全て
ＡＴ互換機です。HDDは、３Ｇの購入時のもののままです。新規インストールを
なんとか成功させたいのですが、win98nをHDDにコピーというのは、フォーマット後、
どのようにおこなえばよろしいのでしょうか？また、CD-ROMを読み込みに行かない
のは、何とか解決できないのものなのでしょうか？お手数をかけますが、今しばらく、
おつき合い下さい。宜しく御願い致します。　

Cabsセットアップ方法
「ＨＤＤに適当なフォルダを作成（a:windowsoptionscabs　など）」
「そのフォルダに Win98N　内の全て（一応）のファイルをコピー」
「コピー後のフォルダ内の setup.exe を実行」
確か事前にpartitionにはシステム転送しなくても、大丈夫だったハズ・・・

あくまで記憶をたよりにですが、起動ディスクからでいけたと思います＞ＨＤＤ内セットアップ
※ってか、そのせいで、ＣＤＲＯＭのドライブ覚えてないわけだが。

ただ、いま、Windowsがなんとか起動しているなら、そのWindows上でコピーしてから
Windowsディレクトリを消去してクリーンインストールにみせかけるってのもありか。
※Windows抜けるまえに属性変えておかないと、ＤＯＳから消去できないけど。

パスの通っている所に「XCOPY.EXE」を置いておき、
次に適当なフォルダ（「Windows」以外の）を作成して、
そこに移動させておきます。
あとはCD-ROM内のWin98nに移動して「XCOPY *.* /S X:」と入力すると
コピーが始まります。
Xの部分はHDDのドライブ文字になります。
（XCOPYはROMの中に入っています）

16MBシステム空間は有効になっていますか？

レスが遅くなり、申し訳ございません。仕事の合間を見計らって、行っているので、なかなか
進まない状況です。現在、HDDにwin98nフォルダをコピーしました。その後、起動ディスクを使い、インストールを開始すると、win98セットアップ画面で、「エラーSU0013　起動ドライブにファイルを作成できませんでした。・・・・・・」と表示が出て、インストールできません。何がいけないのでしょうか？ちなみに、16MBシステム空間は、有効になってました。
ご指導宜しく御願い致します。

＞、「エラーSU0013　起動ドライブにファイルを‥‥‥
これFAQなんですが、CABSセットアップでは「起動ドライブに」インストールしようとします。従って、起動ディスクからでなく、Win98をインストールしようとするHDDパーティションから起動しないといけません。
詳しいやり方は過去ログにありますので、必要なら検索してみて下さい。