具体的には、どのようなことをなさりたいのでしょうか。
(1)現在Ｃドライブにセットアップされて正常に動いているWindows2000のドライブ名をＤやＥに変えるというのは、事実上不可能です。
(2)そのWindows2000の領域を他の領域にコピーして、Ｃドライブとして起動しようとした際、新領域がＣドライブにならないために起動できない、という場合に、W2KSGNが役立ちます。

この(2)のことでしたら、私も数日前にようやく成功しましたので、お役にたつことができると思います。状況を詳しく書き込んでください。

かばさんがかかれました(1)ですが、一応できました(^^;)
とはいっても確実に安全なやり方ではないので真似する場合は自己責任でお願いいたします。

例えばPC9821ユーザとして(笑)現在CドライブブートのWin2000をAドライブ起動したい場合、
1.RegGrep(http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se063279.html)を用意
　RegGrepにてレジストリ内のC:を全てA:に置換
　場合によってはC:を全てA:にしても平気かもしれませんがやばそうな所は各自判断
2.Administratorでレジストリエディタ(RegEdit.exe)を起動
　HKEY_LOCAL_MACHINESYSTEMMountedDevices を見る。
　DosDevicesC:となっているものをDosDevicesA:にする
　(もしFDD等が既にDosDevicesA:を占有していればそっちをDosDevicesF:等にしてから)
3.再起動

で、ブートドライブのドライブレターは変更できました。
ただしレジストリにフルパス情報が記載されているソフトウェアはともかく、
独自のファイルでフルパス情報を管理しているプログラムは勿論不具合の可能性はあります。

しかしながらWin2000クリーンインストール直後にこれを行いAドライブブートにしてから、
他の様々なソフトをインストールして1年半程運用してきても今の所何一つ不具合はおきていません。
クリーンインストール直後に行う分には"多分"安全だとは思います(あくまでも無保証ですが)