Windowsの場合なら、システム（レジストリとか）がシステムファイルを管理してくれるので、
インストール時に指定したところから動かさなければ、どのドライブにインストールしても（除：ＦＤＤ）動きますし。
当然、この場合、システムファイルはWindowsのシステムディレクトリで
アプリケーション本体は、別のドライブのディレクトリでかまわんわけですが。

もっと細かく設定できるソフトなら、
テンポラリファイル、生成するデータ、システムファイル、ソフト本体、全部別の場所に置けますし。
※メリットあるかわからんが。

パーティション(通常この表記が多いです。)の先頭の方がベンチで高速なようにその部分をシステムで使いたいと考えてじゃないでしょうか・・別ドライブにしておけば先頭部分は空きがあるのでアプリやデータを入れても高速な部分が埋まっていかないですし、、

１．ＨＤＤの外周部のアクセスは比較的高速なので頻繁にアクセスするファイルを置くと極楽かも。
２．やがて訪れるＷｉｎのクリーン・インストール時、アプリやデータまで初期化しなくてすむので楽できるかも。
３．データのバックアップがドライブまるごとできるので楽かも。

スピードより管理が楽になる方がメリットを感じる今日この頃です。
Ｗｉｎの上書きインストールですむならそれほど有難味は無いのですが、１パーティションの場合、多量のアプリの再インストールとそれぞれの更新はうんざりしています。
「３分の計」は正解だと思います。

私は４分割

互換機
C ページングファイルとテンポラリ
D OSとOffice
E その他アプリケーション
F データ

PC-98
A ページングファイルとテンポラリ
B データ
C OSとOffice
D その他アプリケーション

メンテとバックアップが楽なので、いつのまにかこれで定着してます　

こんにちは。皆さんレス有難うございます。いろいろ参考になりました。
120GBだとWIN XPのOSだけですとどの位割り当てればいいでしょうか。現在
MBMを使って80GBを三分割していますが、新しく増設する予定です。
またデ−タ用に分けた所にアプリなどを入れた場合、OSの再インスト−ルの時はアプリケ−
ション等どうなってしまうのでしょうか。
よろしくお願いいたします。

CドライブはOSのみなら、5GBもあれば十分ではないかと思います
アプリケーションは、多くのソフトがレジストリ、それとシステムドライブにファイルを書き込むようになっていますので、別ドライブにインストールしていても、OSを再インストールしたらそれらも再インストールが多くの場合必要です
なのでアプリケーションはうちではOSと同じドライブにインストールし、容量は少なめ(10GB程度) データはあとのパーティションに、ページファイルやTEMPなどは、2台目以降の別ドライブに、、とやっています
1台の場合は、、、Cを大きくとって、Dを小さめに、こまめなデータを入れる、、などですかねぇ、、

いしかわさんのお書きのように、Windowsはレジストリなるものでもって、OSがアプリの設定情報のすべてまでを管理しないと気が済まない、という仕様のため、OSとアプリを分けるメリットはまず無いと思います。
（OSを入れ替えたら、アプリもすべて再インストールしないといけないし、OSのパーティションやアプリのパーティションだけバックアップを取っても、あまり意味がない）

ですので、パーティションを分けることによる、外周部のアクセスが高速であるというメリット（とはいえ、OSの起動やスワップが早い程度）よりも、将来 C:が不足したときのことや、どう分けるかで悩まなくてはいけないデメリットを考え、いっそ 1パーティションにしてしまうのも、また有りだと思います。

個人的には「どぅ切りろぅが それは運用者個人の勝手」と認識してるので"有り"だとか"意味なし"とかのレベルでは無いと思います(ぉ)
ちなみに当方は「分割して使ってます(物理容量の １割、５１１Ｍ、残り ってな感じ)」
その方がシステムの再構築の際にもSCANDISKやらが動いても即効で終わるし何より どのドライブID に不正処理が多発したのか等、明確になりやすい環境ですから＞ゴミ失礼

regeditでレジストリのバックアップを取ることができるので
OSとアプリのパーティションを分けるのは有意義なことです。
ただし、IEやOfficeといったシェルと統合してしまうようなアプリは
OSと分ける意味はないでしょう。
Windows2000までならシステム5Gで事足りますが、XPを導入されるなら
7〜10G欲しいところです。
再構築用にインストールディスクのみを置いたパーティションや
バックアップ専用のパーティションを作っておくのも良いでしょう。