そういうことです

あれ、前にPC/AT互換機掲示板で同じ子と聞いてませんでしたか？

はい、そうなんですが。
そのときは、初期状態（購入時）にもどるというようにうけとりました。

うーん。
前の書き込みで見るところ、いまだよく理解されていないよーなので、まず、認識を。

プレステでいうとこの、
ＣＤ入れなくても動くソフト部分がＢＩＯＳ
バックアップ（時計とか音設定とか）がＣＭＯＳ
パソコン本体がＰＳ本体で（爆ぉ
ＷｉｎｄｏｗｓやＤＯＳが、ゲームソフトにあたるな。

つまり、ＣＭＯＳクリア＝設定クリア、な、感じです。

ＢＩＯＳ書き換えが、いかにイレギュラーで元に戻らないかは判るかと。
※伊達に警告ばっかし書いてない＞アップデートプログラム

ってか、
このへんの知識は、ＰＣを触っていこうとするなら,あって然るべきかも。
とりあえず、基礎知識の書物を購入されることをお勧め。
※あるのかどーかは知らないけど。

BIOSは電圧が無くても消えないROM（プレステのメモリーカードのような物）に書かれています。なので、長期間放置したM/Bでも起動できます。BIOSが無ければ全く起動しません。
BIOSのアップデートではそのROMの内容を書き換えます、なので書き換え中に電源を落したりしてBIOSを破損するとそのマザーボードは起動不能になります。

一方、CMOSの方は電圧が無くなれば消えてしまいます、その為一部のマザーボードでは電池を抜く事でCMOSクリアが行われます。CMOSがクリアされた状態で起動すると、日付など全て初期値になってしまうのでまた設定してあげる必要が有ります。

BIOSアップデートの後でCMOSクリアを推奨するのは、BIOSの内容が変わった事で設定項目の不整合が生じる場合が有るからと私は理解しています。

CMOSクリアーは現在のBIOSの設定を初期化することだと理解しました。
BIOSアップは前のBIOSを消して、新BIOSに入れ替えることだと理解しました。
どうもありがとうございました。

BIOSとCMOSの関係についての補足ですが、CMOS（NVRAMともいう）は不揮発性のメモリであり、ここにBIOSでの設定値（IDEやLPTやCOMの有効無効など）が書かれているほかに、Warmbootの判定などBIOSのワーク領域として人知れず使われることもあります。
おまけとして、RTC（時計）の部分はCMOSをI/Oポート(Index:70h/72h,Data:71h/73h)叩いて読み出すプログラムを書けばわかりますが（アセンブラで簡単に書ける）、それこそリアルタイムに秒や分の部分が変動しています。
ちなみにCMOSクリアは電池を抜いたりマザーボードで指定されたジャンパをいじるほかには、チェックサムを壊してやることで簡単に初期値に戻ります。
CMOSには別にBIOSの設定値のみが書かれているわけではないという補足ですが、まあこんなことは別に知らなくてもいいという超参考情報で。