>dos/v機で使っている、WIN2000を
リテール版ならDOS/V機のW2Kをけせばライセンス的にはOKですがOEM版の場合、ライセンス違反になります。また、9800用のW2K自体がCDに入っていないと思います。

>普通にCD　BOOTする方法
無いです。リテール版の９８用CDかあら起動ディスクを作ってそれを使って起動するそうです。（私は未体験なので違っているかもしれません）

なお、立場的に可能ならばアカデミックライセンスのものを手に入れればＯＥＭ版と同じような値段で手にはいると思いますので、値段的には楽だと思います。
（パッケージ自体ＳＰが当たっていないかもしれません）

同様の質問が、モバイラー掲示板でも見かけたような気が・・・

まず、PC-9821で使用できるWindowsですが、
Windows98：市販の箱入りパッケージは98・AT両対応、OEM版はATのみ、
Windows2000：市販のパッケージは98用CD-ROMとAT用CD-ROMが同梱、
OEM版はAT用のみ、
WindowsMe：98用はありません。
WindowsXp：98用はありません。

よって、市販のWin2000パッケージを購入するのが近道でしょう。
インストールするには、98用CD-ROMからインストール用起動ディスク
（フロッピー４枚組）を作成することになりますが、
この作業はAT機のWindows上でも可能かと思います。

CD-ROMブートは、ＳＹさんのおっしゃるとおり、無理だと思います。
（うちの古いPenPro機などは、AT機でもできないことですよ。）

皆様、ありがとうございます。ご指摘のとおり私のOSはOEM版でございますので別途購入することにいたします。ただ、アカデミック版の購入はできないので、何か安く手に入る方法または入手先などご存知でしたら教えていただけませんでしょうか?

閉店セールの処分品くらいしか思いつきませんね。