>DOS/V用の起動ロゴを減色(16色)/リサイズ(640*400)して入れ替えて
>起動して見たら、画面全体がスローに点滅して、それ以後はフリーズしてしまうんです。
単にリサイズ・減色して使っても、パレットの問題でうまくいかない事が多いのでしょうね。
ですので、希望する画像を(リサイズ・減色した後で)、
http://www.vector.co.jp/soft/win95/amuse/se037386.htmlのようなツールで調整・確認してみるのが良いでしょう。
#かなり昔(Win95使用時)に自分も一度利用しましたが、
#ドキュメントに色々解説があったと思います。