ディスク使用の効率化とアクセススピードのトレードオフ。

なるほど。たなべさん、ご回答ありがとうございます。
追加で質問よろしいでしょうか？

これは断片化がより激しくなるため遅くなるという
理解でよろしいのでしょうか？

まるっきり間違いではないですがちと外れ。

簡略化して説明します。（厳密には一部事実とは異なる部分があります）
クラスタ１つを読み書きするのに、管理領域に１回、データ領域に１回のアクセスを必要とします。アクセスを１回行うごとに、ヘッドの移動やディスクの回転待ちが発生するため、待ち時間が生じます。
アロケーションサイズが大きくなればなるほど、一度に読み書きできるデータ量は増えますから、アクセス回数は少なくなり、従って待ち時間が減り、つまりは速くなります。
しかしその反面、どんなに小さなデータ量であっても、最低クラスタ１つ分の容量は消費してしまいます。１バイトのファイルを記録する事を考えてみましょう。
アロケーションサイズ５１２バイトであれば、５１２バイトの容量を消費しますが、３２ＫＢのアロケーションサイズであれば、３２ＫＢを消費してしまいます。
つまり、実データサイズに対して、使用するディスクのサイズとの比は、アロケーションサイズが大きくなればなるほど悪くなります。

これが、効率化と速度のトレードオフ現象というわけです。

もやもやとした部分が完全にとれました。Feldlotosさん、大変わかりやすい回御答
大変ありがとうございました。

なので、同じデータ容量でも大きいサイズのファイルが少しある場合と
小さいサイズのファイルがたくさんある場合でかなり消費容量は変わってきます(^^;)
アロケーションサイズが大きいドライブ(FAT16の2GBとか)にて細かいサイズのファイルが
たくさんあると無駄な消費量が多くてげんなりしますが、その分逆に可逆圧縮形式で
1ファイルにまとめた時の回復量が多く感じて微妙に嬉しかったりします(ゴミですすみません)

まぁ、Windows2000でNTFSなら「既定値」の4KBでいいかと思います。
NTFSの場合、数百バイト程度の小さなファイルなら管理レコードに格納されますので、クラスタギャップのことはあまり気にする必要はありません。

>Windows2000でNTFSなら「既定値」の4KBでいいかと思います。

そうですね。私は一度５１２バイトのＮＴＦＳでフォーマットしたところ、Ｗｉｎ９８からドライブとして見えてしまい（当然アクセスは不可）、ドライブレターがずれて痛い目にあったことがあります。
規定値でフォーマットするのをお勧めしますね。

>５１２バイトのＮＴＦＳでフォーマットしたところ、
>Ｗｉｎ９８からドライブとして見えてしまい
Σ(;￣□￣)、そんな落とし穴が…‥