既出かもしれませんが、私の検索では引っかからなかったので。
Win98+SP1をV13/M7で使用していますが、マイコンピュータや
エクスプローラでフォルダを開いたり閉じたりの動作がどんどん
重くなってくると言う現象が発生するようになりました。
気がついたときにはそうなっていたのです。

原因として知られているものに、以下の３つがあるようです。

１．フォルダの中に日本語の長いファイル名のついたファイルがたくさんある。
２．エクスプローラにて多量のファイルを移動、コピー、削除を一括操作をした。
３．フォルダの階層を深くしすぎている。

私の場合どれにも該当しないのでずいぶん悩みましたが、やっと解決しました。

その原因は、”マイドキュメントフォルダをほかのドライブに移動していたため”
だったのです。Tipsでよく紹介される例のやつです。これをシステムドライブに
戻したら、どんどん重くなると言う現象は見られなくなりました。

元に戻すといってもデータは移動したわけではなく、マイドキュメントフォルダには
実際のデータが入ってるフォルダへのショートカットを置きました。
ただそうするとデスクトップからドキュメントフォルダが一発で開けないので、
デスクトップのマイドキュメントは削除し、ドキュメントフォルダへのショート
カットを置いて、マイドキュメントとリネームしました。しかしまだアイコンが
普通のフォルダと同じなので、"mydocs.dll"のアイコンに変更しました。
これで、以前と同じ操作で違和感なく使えるようになりました。

もし同じような現象でお悩みの方がいらっしゃいましたら、参考になさってください。