書籍等で詳しく解説されたものは少ないでしょうし、現在では入手困難でしょうね。
そんなときはまずここの過去ログ（トップページからジャンプ出来ます）で検索してみましょう。
キーワードは「Windows98　インストール」等でヒットしますよ。過去ログに詳しく解説されたスレッドが多数有りますので調べてみて下さい。

ところでWindowsのどのバージョンをインストールしようとしているのでしょうか？
ご存じかとは思いますが現行のWindowsXPやMeはPC-9821には対応していませんのでご注意を。
またPC-98でのインストール作業は互換機のそれとは若干異なる作業をする部分もありますので、その辺も過去ログで勉強してみて下さい。
それと最低限のMS-DOSの知識も必要になりますから、そこら辺も勉強した方がいいですね。

バイザー＠会社様有難うございます。

DOS/Vなら多少の知識はあるものの、今回友人から頂いたALIEと言うノートパソコンはPC98シリーズと言う事でまったく触った事の無い分野でもあります。

OSはウィンドウズ95をインストールしてみようかと思っています。まあ性能的にも95が妥当かなと言った感じです。

色々勉強する事が多いかも知れません。頑張っていこうと思います。有難うございました。

簡単にいってしまうと
起動ＦＤを作る＞中身を丸ごとインストール先ＨＤＤに移す＞そこから起動後インストール
です。（バイザーさんがおっしゃっていることを無駄にしないためにあえて簡単に書いてます）ＤＯＳ／Ｖ（ＯＳの意味でＡＴ互換機の意味では無いです）がわかる方ならあとは調べればなんとでもなると思いますのでがんばってください
ただ、Ｗｉｎ９５で良いなら、何らかの方法でリカバリＣＤを入手するのが早いかもしれないですね。

もさんどうも有り難うございます。DOS/Vの知識（乏しいですが）を生かして、若しくはリカバリCDを探して、の両面から攻めていきたいと思います。わざわざありがとうございました。

DOS/Vと98のインストール時点の違い（注意事項）は、「98は起動ドライブにインストールされる事」くらいでしょ。

Windows'95、Windows2000はAT用とCDが別だけどお持ちなのかな？
'95だとCD-ROMを認識させるのに一苦労ですね。
リカバリCD,FDのセットを入手するのが近道だと思います。

MUSICO様O3A3様どうも有り難うございます。いろいろ勉強をして必ずやインストールに成功するように致します。