Dual bootにするときは、二つのシステムを完全に別々に管理するのがトラブルを避ける原則です。その上で、
>先日、D:にwin2kをインストールし、98とのデュアルブートにしました
>win98の方にはB's Recorder GOLD ver.3.29をDドライブにインストールして
ということは、Win98で使うライティングソフトをWin2Kのシステムドライブに入れてしまったことを意味します。これはいつでしょうか?どのようにインストールされたのか分かりませんが、このとき又は別のソフトを入れたときに、本来Win98のシステムディレクトリやCommon Filesに入るべきファイルがWin2Kの方に入ってしまい、Win2Kのプログラムを上書きしてしまった可能性はあります。或いは、office2000をインストールしたときに問題が起こったのかもしれません。
↓こちら(JP270008)の「現象」の4番目の項目をご参照下さい。
http://www.microsoft.com/japan/support/kb/articles/JP270/0/08.aspただ、これが原因である保証は何もありませんので、あくまでこういうこともあるから注意するべきという、参照程度に止めて置いた方が無難かと思います。特にレジストリをいじる場合には細心の注意を払って下さい。