「そのフォルダ自体のショートカット」ではなくて「そのフォルダ自体」をWINDOWSスタート メニュープログラムにコピーするのではいけないのでしょうか？

イマイチやりたい事が分かりませんが・・・
スタートメニューにフォルダのショートカットを登録した時の挙動の違いですよね。

スタートメニューのプログラムフォルダに適当な名前のフォルダを作成して・・・
その中にプログラムのショートカットを入れるというのではダメなんでしょうか？

かぶった・・・。秒差かな？(^^;

説明すると長くなってしまうのですが、
要するにスタートメニュー内にせっかく整理したショートカット集を
Win2000とWin98のデュアルブートな環境で共有し、常に同期させておきたいんです。

これならショートカット集となるフォルダをデータドライブにでも置いておいて、
それぞれのOSからはそのショートカットをランチャ代わりにしてアクセスできれば
一方のOSでショートカットの登録、削除をしても別のOSにもすぐ反映されますし、
OSを再インストールするときにもそのフォルダのショートカットを登録するだけで
すぐにある程度の使い勝手を取り戻せます。

WIN98のスタートメニューに表示されるプログラムのショートカットの位置はレジストリで変更できます。
実際にはTweak UIなどのレジストリ変更ツールで変更するのが簡単でしょう。
HKEY_LOCAL_MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionexplorerUser Shell Foldersのレジストリをファイルに保存しておけば再インストールしてもダブルクリックで設定を元に戻せますし。

ただし、レジストリを使用するプログラムをデュアルブートのOS双方で利用すると問題が発生する場合がありますので、注意が必要です。個人的にはお勧めできません。

＞WIN98のスタートメニューに表示されるプログラムのショートカットの位置はレジストリで変更できます。
＞実際にはTweak UIなどのレジストリ変更ツールで変更するのが簡単でしょう。

Tweak UIは既に導入済み（Win98のみ）なのですが、具体的にどこをどういじれば
よいのでしょうか？

とりあえず家ではTweakUIを日本語化日本語化してあります。Ver1.33です。
http://plaza7.mbn.or.jp/~suto/index.html

マイコンピュータタブの下の方の「特別なフォルダ(S)」の下のダイアログで「プログラム」を選択して「場所の変更(C)」のボタンを押して好きな場所に変更してください。
前もって必要なショートカットをコピーしておくと良いでしょう。

しおまんさん、ありがとうございます。よくわかりました(^^)/。

しおまんさんのおすすめの方法はかなりの盲点で、大変参考になりました。
「マイ ドキュメント」と同じことが他の特殊フォルダでもできたのですね。
他にもIEのお気に入りやOEの保存フォルダもデュアルOSで共有していたので
同じことがスタートメニューの「プログラム」でもできればと思っていました。

私の場合は「スタートメニュー」のターゲットをショートカット集に変更することで
スタートメニューのランチャー化を達成できました。
これならOSごとにインストールが必要なアプリと、両OSで共有して使うアプリが住み分けられて便利です。

説明不足で何がやりたいのかわかりにくくてご迷惑をおかけしたと思いますが、
無事に解決しました。ありがとうございました！
あ