もしかしたら既に知られていることなのかもしれないですが、過去ログにて該当する記事が
見つけられなかったので投稿します。

SC-UPCIは32GB OVERのHDDは32GBで打ち切りになりますが、ある条件下で32GB越え領域を
全量確保できることを確認しました。
※32GB越え部分はBIOSからは見えない部分なので、当然起動に使えない点はご注意下さい。

まとめると、32GB OVERのHDDにおいても、32GB以内の領域をブートデバイスとしてDOSや
WIN98と併用しつつ、NT4とWIN2Kでは(データドライブとしてのみですが)32GB越え領域を
全量使用できました。

環境
CPU: PC-9821Ra20/N12 + PL-Pro/II + PL-370/T + 鱈セレ1.4G + 320MB RAM
HDD: Seagate Barracuda ATA-IV ST340016A(40GB) + AEC-7720UW
SCSI: SC-UPCI
OS: WINDOWS NT4 SP6a(必須) + WINDOWS 2000 Pro

(1) 32GB以内の領域におさまるようにWIN98(98SE)・WINNT4・WIN2000(必要なら)を
インストールする。それぞれのOSのパーティションサイズはいくらでもいいですが、
32GB境界付近はWIN98で最大量を確保して、BIOSから見て領域の余りがないように
する。(NT・WIN2Kではダメ) WIN98はフロッピー起動できるので、HDDへの
インストールは必ずしも必要ないとも言えます。
※HDDの32GBクリップは設定しません。

(2) NT4のパーティションから起動し、ディスクアドミニストレータを立ち上げると
32GB越え領域が未確保領域として見えているので領域確保し(この場合だと5.2GB)、
NTFSでフォーマットすれば普通に使用できるようになります。

※なぜNT4なのかというと、WIN2Kでは領域確保時に容量誤認識を起こし、フォーマット
できないからなのです。WIN2Kでは容量未確保時には正しく容量を認識している
のですが、確保したとたんに2TBぐらいのパーティションであると表示します。
NT4であれば誤認識無くフォーマットまで無事に完了します。
ただしフォーマット完了後?なのか再起動後?どちらのせいかわかりませんが、再度
ディスクアドミニストレータを立ち上げると、この領域は2TBとして表示されます。

一旦フォーマットまで完了したドライブは、5.2GBとしてマイコンピュータから確認
でき、コピーなど行っても32GB以内の領域を壊したりはしてないようです。
またWIN2Kからもサイズなど狂わず問題なく使用できています。ただしNT4と同様に、
ドライブ情報から確認できる確保容量は2TBとして表示しているので、精神衛生上は
あまり気持ちよくありません(汗)。

※本当に32GB以内の領域に影響がないのかどうかわかりませんので、実行される場合は
くれぐれも自己責任において注意願います。