ひょっとしたらぼくだけかも知れませんが…
オンボードGAが載っているPC-98でPCIスロットにGAを増設してWin2000で増設したGAをプライマリとし、内蔵をディスクトップ表示せずで使っていると画面の色数を変えた拍子に勝手に内蔵GAが有効になってしまいわざわざ後ろに手を伸ばしてビデオケーブルを繋ぎ変えて画面のプロパティの変更する必要がありました。
そこで、ちょっと荒技な解決法ですが、レジストリをいじって内蔵GAのドライバの実行フラグを4(多分ドライバロードせずの設定)に設定したところ画面のプロパティからは見えなくなりました。具体的には、
HKEY_LOCAL_MACHINESYSTEMCurrentControlSetServices,rident
のなかのStartの値を変更しました。(あくまでTridentの場合ですのでそれ以外でどうなるかは解りませんが…)
ちなみにぼくの使用マシンはPC-9821Xa10/C4です。