↓ここら辺で勉強しましょう。「NOBUSAN'S SQUARE」という、マルチブートでは有名なサイトにある、１コンテンツです。
http://www.tkcity.net/~nobusan/multi_boot/windows.htmlこの中で、Win98SE再インストール後の、具体的な修復のやり方は
http://www.tkcity.net/~nobusan/multi_boot/windows.htmlXPが起動できなくなるのは、MBRが上書きされるから、ではありません。
（＊Win標準以外のブートローダーを使っていない限り＊、
MBRに書かれているローダーが上書きされても通常は影響ないはず）
Cドライブのブートセクター（NT-IPLが書かれている）が上書きされるから、です。
sys C:を実行したのと同じ状態になります。
回復コンソールでは、ブートセクターを修復するコマンド「fixboot」を使います。
MBRを修復するコマンド「fixmbr」は、Win標準以外のブートローダーを使っていない限り、起動回復のためには通常は使用する必要はないはずです。