いつも、こちらは参考にさせてもらってます。現に今までいくつかのトラブルはこちらで解決できました。
今回のトラブルなんですが、『win2k起動時にエクスプローラが勝手に起動しPCの中のあるフォルダーが表示されます。』これを止めたいのですが、何かアドヴァイス等ありましたら、お願いします。
まずPCの環境ですが、以下のように使ってます。
ハード的なものは、あまり関係がないかと思いますので記しません。
こちらで教えてもらったＭＢＭというブートマネージャーを使ってCドライブにはWIN98、ＫドライブにはＷＩＮ2000をインストールしてあります。（ＷＩＮ98起動時のドライブ表示）。Ｄドライブにはアプリケーションをインストールしてますが、ＷＩＮ98用として
Program Filesというフォルダーを、ＷＩＮ2000用にProgram Files 2000というフォルダーを作ってその中にそれぞれアプリを入れてます。（共有はしてないつもりです。）
EドライブはＷＩＮ98のswpファイルやTemporary Internet Files、
WIN2000のpagefile等一時的なものを入れてます。ＦからＪドライブはシステムには関係ないファイルをいれてます。
それで、具体的なトラブルというのはWIN2000を起動したとき、ＤドライブのProgram Filesがエクスプローラで出てくるのです。
ＷＩＮ2000を使う分には本来関係ないものが、自動的に起動されるのです。
そこで、わたしの少ない知識の中で、いろいろ直してみようとは思って、次のようなことはやってみました。
TweakUIや窓の手で自動起動のところを調べる。
ＷＩＮ2000のプログラム下のスタートアップをチェック（Administratorその他あるところ）
レジストリにたどるルートが書かれているか。

以上、いままで調べた限りではわかりません。

私が思うには、なにかのソフトをProgram Files側にいれてしまった、なにかのプログラムがProgram Filesを参照している。　ということかと思っているのですが。

毎回起動時にさきのものがでてくるのはうっとうしいので何とかしたいのですが、
どうぞよろしくお願いします。