起動デバイスの変更といっても、単純にboot.iniなんかを編集すれば済むという話ではありません。起動時のデバイスドライバの起動など諸々の設定変更が必要です。少なくとも、一般のエンドユーザのレベルでできる話ではありません。(AT互換機でLinuxを使用しているなら、十分可能な話ですが、NT系のWindowsとなると無理に等しいです。)

OSのアップグレードインストールを行う方法で、OSを上書きインストールすればよいのではないでしょうか？　

PC-98の場合、IDEからSCSIに接続替えした場合、OSに関わらず基本的に再フォーマットが必要になります。とくにWindows2000では、フォーマットせずにすます裏技はありません。

もう一台ハードディスクがあるなら、再セットアップでなく丸ごとコピーする手はありますが、慎重にやらない限り失敗します。Windows2000の丸ごとコピーに関してはこのページに情報があります。
http://homepage1.nifty.com/marimono/

マリモさん、Xnの時もコメントありがとうございました。
IDE接続してWin2000をインストールしたHDをIDE-SCSI変換ボードを介して
SCSI接続した場合、NT LOADERまでは動作します。
次に、推測ですが、カーネルをロードしようとする段階で
もともとIDEのインターフェースから読みだすよう設定されているので
INACCESSIBLE_BOOT_DEVICEとエラーメッセージがでるのであろう、
ここをSCSI インターフェースから読み出すように替えたらブートしないだろうか、
と考えたわけです。
ハードディスクは小宇宙にようなもので、使い慣れたハードディスクの環境は
消したくないものです。
実は、このHDをPC-9821Ra20(Celeron 700MHz)で、IDE接続で使おうとしたのですが
IPLの段階でハングして使えないのです。
それでSCSI接続ではどうかと試してみたのです。

IDEハードディスクのWindows2000を新たに確保したSCSIハードディスクにコピーした場合は、Windows2000領域のIPLが起動し、NTLOADERまで起動します。しかし、IDEハードディスクをSCSI変換基板に繋いだ場合は、Windows2000のIPLすら起動できません。これは、ハードディスクの BIOSレベルでのセクタ・ヘッド・シリンダ番地が、IDEとSCSIとで異なるためです。

そういうわけで、IDEとして使用していたハードディスクをSCSI変換基板に繋いだ場合に、INACCESSIBLE_BOOT_DEVICEの表示が出るというのも不思議なのですが、これは推測なのでしょうか、実際に出たという事なのでしょうか？

IDEのHDを、そのままSCSIに挿した状態では、SCSIのブートドライバが入ってないから
エラーというオチはないのでしょうか?

そのオチがINACCESSIBLE_BOOT_DEVICEなんですが、それ以前の問題(4.に書いた)もあるハズなのに、パスしているらしいのが不思議なんです。

Win98とかからアップグレードしたFAT(32)では?(かなり憶測)

Win2000は新規にをインストールしたものです。NTFSです。
SC-UPCIに差し替えてブートした場合も、
Win2000の起動の白のバックの”起動中”の画面が表示されます。
エラーメッセージも全く同じようです。
IDE-SCSI変換をおこなっているのセンチュリーのボードの
HDパラメータの取得が上手なのでしょう。
かねやすさんのいうように
SCSIのブートドライバが生きていないからだとおもいます。
どうやったらIDEのブートドライバと入れ替えられるか、
だとおもいます。
入れ替えても問題がおこる可能性大と思いますが、やってみたい。

>どうやったらIDEのブートドライバと入れ替えられるか、
>だとおもいます。
だから、Win2000をアップグレードインストールで入れてみなさいって。完璧ではないですが、インストール済みのソフトウェアの環境を引き継いだ上で、SCSIから起動できるようになると思いますよ。以前、SCSIカードを交換して同様のエラーで起動しなくなってしまったのを、この方法で修復したことがあります。注意点としては、新規上書きではなく、アップグレードを選択することぐらいです。
昔は、少しでもHDのアクセスを速くしようとして、おかしなフォーマットをかけてくれるI/Fがあり、そういったI/FでフォーマットしたHDは、他のI/Fではフォーマットしなおさないと使用できない場合がかなりありました。しかし、MMX Pentium時代以降に出てきたI/Fについては、素直なフォーマットをしているものが多く、I/Fを変更してもそのまま使える場合がほとんどです。使えない場合の多くは、98で使用していたディスクのAT互換機への転用とか、作業中の事故でデータが飛んでしまったケースが、ほとんどでした。

ひょっとしてそのハードディスク、再び内蔵IDEに繋ぐと、もうまったく起動できないのでは？。NTFSであろうがFAT32であろうが、IDE-->SCSI変換をしたのにWindows2000のIPLが起動できるというのは、どうにもおかしな話です。IDE-SCSI変換ユニットというのは、パーティションのジオメトリに関して、なんら変換を加える物ではありません。

＞フロッピーディスクより立ち上げて修復を試みた
とあるので、ひょっとすると、こんな状態になっているのではないかと思います。
１．パーティションテーブルはIDEのときのままである。
２．先頭領域IPLは、16ヘッド*63セクタ＝1008セクタにあった（１シリンダ目）。
３．SCSI変換したときは、それが 8*128＝1024セクタにあるとみなされるので起動はできない。
４．しかし修復時に、そこにWindows 2000の NTFS IPLセクタが新たに書かれた。
（これにより、ファイルシステムの先頭付近を破壊しているはずである）
５．そこからIPLがロードされる。
６．NTローダはファイル位置に関しては BIOS CHSアドレスでなく論理ブロックアドレスで起動できるため、なんとか起動する。
７．しかし整合性のない状態であるので、起動続行できない。
（これはSCSIアダプタのドライバがインストールされていないためではない）

とにかくメチャメチャな状態にあるので、再フォーマット／再セットアップしかあり得ません。

いろいろご指摘ありがとうございました。
とにかくやってみました。
SCSIにつなぎ修復セットアップをかけたHDを、
もとのPC-9821Ra266のIDEに接続してブートしてみました。
no system diskと表示されストップ。
PC-9821Ra20(Celeron 700MHz),PC-9821-B02Lに接続し直し、
4枚のFDよりブートしました。
アップグレードインストールの選択肢はしめされませんので
Enterでインストールを選び、次にR（修復）を選んでみました。
30分くらいかかり、確かにWin2000が立ち上がるようになりました。
でも、新規インストールと同じで、
インスートルしたアプリケーションはすべてきえました。
使用したWin2000はアップグレード版です。
まあ、こうならざるをえないでしょう。

やはり内蔵IDEとしては起動できなくなっていましたか。Windows2000の「修復」で、かえって「破壊」してしまうようですね。本来ならIDEからSCSI変換すれば、領域は見つからなくなるのですが、そこはWindows2000、強引に見つけだして、間違った位置で修復を行なおうとするためだと考えられます。少なくともWindows2000のドライブのファイルシステムがFATであれば、IDE-SCSIジオメトリ変換をしてからならばうまく行ったと思いますが、これをやってくれるソフトは、メルコのIFC-USP-M2に付属のGOSCSIしかないんですよね。

あ、念のため書いておきますが、このスレッドのようなことは、NEC PC-98システムに特有のことです。PC/ATでは、SCSIとIDEによるジオメトリの差異というのは、（今では）存在しませんので、Windows2000の修復で破壊などということはありません（MBRは書き換えという破壊はあるかも知れませんが）。