「°素人」ですので、余り詳しくは内のですが、ケーブルジャンパーの確認もしてあるとして
ESID_506.PDR (windowsCDのDriversStorageNECのESID_506.PDRをwindowssystemlosubsysフォルダにコピーする)
IOS.VXD (NECやMS(
http://microsoft.com/japan/win95/modules/pc98.htm)のホームページからDLする)
この2つです。(違っていると困るので識者の方の確認を待ってください)
なお、上記対策が不要なマシンでもメルコHDDに添付のPC-9821用ドライブコピーを使った場合にCDが使えない現象があります(身近でありました)が、その対策はメルコのホームページにでているそうです。
うーん、でも後者だと、windows掲示板の話題じゃないかな?ところでPC-9821ですよね?