「上手な」の定義って何ですか？ファイルがどこにあるかわかりやすい、ということでしょうか？それともディレクトリ構造の管理がやりやすいということですか？
そうだと仮定すると、ごくごく簡単な方法だとファイルの種類別にディレクトリを作り、そのディレクトリにはほかの種類のファイルを入れない、などの方法がありますが、まあこの程度なら誰でもやってるか。

うーん、ファイルの管理法というものは年月と共に経験で養っていくものですから、
一概にこれが正解というのは出しにくいですよね。f^^;

皆さん、その人なりの「こだわりのルール」というものがるでしょうし。
今のファイル管理法で困っていることなどを挙げてみるといいのではないでしょうか。
ファイル管理において、酸いも甘い知り尽くした経験豊かな皆さんから解決法がいくつか出てくると思います。

「超整理法」にならって、あえて種類別に分けずに同じディレクトリに突っ込んでしまうっ
ていう人もいますね。ディレクトリ名は[20020221]など日付だけで、種類ごとには作らない、という感じで。
ただ、端から見ててそれはあまり成功しているように見えなかったり……

　結局のところ他人ではなく自分がわかりやすく管理されているのが「上手な」管理
ですので、自分で試行錯誤するしかありません。がんばってください。
　ファイラーとしてVixをお使いだそうですが、Vixは「統合画像ビュアー」であり、
画像ファイルを管理するには便利ですが、ファイラーとしては力不足といえるでしょ
う。窓の杜、Vector等で自分にとって役に立つファイラーやファイル管理ツールを探
してみましょう。ファイル管理がやりやすくなるはずです。

みなさんアドバイスありがとうございます。此方の説明不足申し訳ありません。
一番問題となっているのはデスクトップの乱雑化ですか・・あとマイドキュメントフォルダの複雑化です。
作業ファイルなどをデスクトップに置いてしまい、そのままと言う事がよくあります。
保存場所や解答場所などを毎回こまめに設定すれば言い訳なのでありますが、
どうも実行に移せないでいます。
マイドキュメントフォルダに関しては以前保存したファイルの場所を忘れたり、古いファイルが溜まってしまったりしてしまいます。
どれも日ごろから心がければいい事なのですが・・・
Vixに関しては画像管理が割合的にも多いので使用していますが、確かにファイラーとしては不足しているところもあります。
もしよければ使いやすいファイラーなども教えていただければ嬉しいです。
宜しくお願いします。

蓼食う虫も好きずきということで，使い易いも人それぞれですが・・・
私はWinFM2000や，もう更新はないけどWinFDを愛用してます。
個人的には，ファイル管理はMS-DOS時代の経験がある人とない人で大きく差が出ると
思います。これらのソフトは，MS-DOS時代の代表的なファイラーのWindows版です。
逆にエクスプローラーは全然使ってなかったりする。

＞どれも日ごろから心がければいい事なのですが・・・

すでに答えはでていますね（苦笑
私自身もファイル管理がヘタなほうで、よく必要なファイルが行方不明になってしまうの
ですが、ご自分で悪い部分を把握していらっしゃるのでしたらそれを改善すればよいだけ
かと。
いくら使い勝手のいいファイラーなり管理ツールがあっても、基本的な環境構築は自分で
行う物ですから根本から見直した方がいいでしょうね。

私はシステムとデータのドライブを分けて運用していますので、マイドキュメントフォルダ
は使いませんね。Windows98時代はマイドキュメントのターゲットフォルダを変更して少し
使っていた時もありましたが、自分で作業フォルダをいくつか作ってそちらで作業するよう
にしていました。
現在はWindows2000中心で使っていますが、やはり同じ様な方法をとっています。
マイドキュメントはいつも空っぽですねぇ（笑
デスクトップでの作業も殆どしません。アイコンも少なくする方向にしていますし、
タスクバーにクイック起動出来るアイコンを自分で作ったり、或いはデスクトップには
作業フォルダのショートカットだけを置くようにしています。
＃作業しているとデスクトップは常に隠れた状態ですので、いちいち
＃「デスクトップの表示」等で表に出すのが煩わしいんですよね。
要するにシステムドライブ（AなりC）にはなるべくシステムに必要なファイル以外は置か
ないように心がけています。再インストール時もその方が簡単ですしね。
あとはファイルの種類（というか目的別）によってフォルダを作って、例えばダウンロード
したファイルの専門フォルダから随時コピーなり移動なりして分別しています。

ファイルの管理方法に「これ」といった定義はありませんので、Windows（というかMS）の
定義した環境を自分なりにアレンジしていくしかないでしょうね。
最終的にはその人間の性格になっちゃいますけどね（笑
＃自分でも反省しているらしい（ぉ

皆さんありがとうございます。
まずはデスクトップの使い方から少しずつ行っていきたいと思っています。
ファイラーは自分が使いやすいものを探してみます。

＞一番問題となっているのはデスクトップの乱雑化ですか・・あとマイドキュメントフォルダの複雑化です。
＞作業ファイルなどをデスクトップに置いてしまい、そのままと言う事がよくあります。

ん、私などはかなりキてますよ。
とても他人様に見せられるデスクトップではありません。f^^;

HDDが大容量化してからは気にせずにデスクトップへドカドカと保存してますけど、基本的にデスクトップ上に置いたファイルは「どうでもいいファイルである」として一定期間が来たら無条件に消すようにすればいいのではないでしょうか。

・・って、それを自分がやれってことですね。f^^;トホホ

私もひばぼんさんの意見に賛成です。DOS時代の経験から，先ず保存先をきっちり
とカテゴリー別に分けています。ちなみにマイドキュメントなんかは一切使って
いません。明示的に自分で保存先を決定してからの方が，ファイルが多くなった
とき困らないで済むと思います。それとデータファイルはOSのドライブと異なる
所に保存するのを鉄則としています。ちなみにファイラーはAriadneといって，Win
FDと良く似たものです。私は，DOSの時からFDを使っていましたので，Explorerよ
りもディレクトリとして見えるものの方が使い易いです。