とりあえず、

スタート->プログラム->スタートアップには何が登録されていますか？

ＪＳクイックサーチファイル自動更新、ＪＳクイックランチ、MS．OFFICE、EPSONプリンタウインドの４個です。

スタートアップに入っているものとしてはとりあえず定番ですね。(^_^;)
今回の件には関係ないですけど、これらのアイコンはスタートアップからは削除しておきましょう。メモリ(リソース)の節約になります。

では次に、スタート->ファイル名を指定して実行
・・にてmsconfigと入力し、「スタートアップ」項目の中で「以前にアンインストールしたのにまだ入っている？」という類のソフト名は出てないですか？

あ、あとその出てくるDOSプロンプトの中にはどんなふうに表示されてますか？

トロイの木馬でその様に成るのがありましたが？

アドバイス、有り難うございます。
ＤＯＳプロンプトには「指定されたCOMMAND検索ディレクトリが正しくありません」と表示されます。
「スタートアップ」項目の件はよく分かりません。
よろしく、

追）「お願いします。」が抜けてしまいました。

autoexec.batとかconfig.sysの内容がおかしくなってたりしませんか。
例えば、パスが間違ってるとかです。

あ、このスレッドへのレス忘れてた・・f^^;

あとは、c:windowsWin.iniの冒頭の部分に何かスタートするよう記述があれば、ですね。
load=とかrun=とか書いている部分です。syseditを起動して調べてみましょう。
この作業は慎重に。

＞ＤＯＳプロンプトには「指定されたCOMMAND検索ディレクトリが正しくありません」と表示されます。

うーん、このぶんだとTamboさん言われるとおり、autoexec.batかconfig.sysのほうが強いですね。同じくsyseditで内容は調べられます。autoexec.batかconfig.sysの内容を、ここにコピー＆ペーストで載せて公開してみるのも手でしょう。

お手数かけます。
autoexec.batとconfig.sysの内容をコピーしますのでよろしくお願い致します。
autoexec.batは
SET windir=C:WINDOWS
SET winbootdir=C:WINDOWS
SET COMSPEC=C:WINDOWSCOMMAND.COM
SET PROMPT=$e[;37;0;40m$P$G
SET TEMP=C:WINDOWSTEMP
SET TMP=C:WINDOWSTEMP
SET PATH=C:JUSTJSLIB32;C:WINDOWS;C:WINDOWSCOMMAND;C:PROGRA~1COMMON~1AUTODE~1

config.sysの内容は表示されません。
ファイルの大きさも０になっています。

スレッドがちょっと下がっちゃいましたね。見落としてしまいそうになる・・f^^;。

＞C:PROGRA~1COMMON~1AUTODE~1

というのが気になります。ショートファイル名になってますけど、多分ロングファイル名だと、'c:Program Filescommon filesAUTODETECT'だと？推測しますけど。このディレクトリって実際に存在してますか？

あとはWin.iniの冒頭部分(最初の10行くらい)ですね。