リアルブートなどで９ｘを使う必要があるならＦＡＴ３２、そうでないならＮＴＦＳでいいのではないでしょうか？
私はＮＴＦＳでＷｉｎｄｏｗｓＸＰを使用しています。

ＸＰは使っていないし、使う予定もないけど
僕はＮＴ４から今の２０００までずっとＮＴＦＳを使っている（５年くらい）

ＮＴＦＳは一種のデータベースなので障害回復性は高いが、その分アクセス速度はＦＡＴファイルシステムに比べれば遅くなる。
僕は信頼性の方が大事だからＮＴＦＳしか使わないけど。

ところでここでいう「互換性＝Interchangeability」とは何と何を取り替えられる
という意味なのかな？

NT系OS一本で行くなら、もうNTFSにしてしまったほうがいいんじゃないかな。
FATをやめてからは、不都合ってほとんど感じたことないですし。

異常終了した時のスキャンディスクもいちいちかからなくなるし、
なんというかファイルが壊れないでちゃんと残っているという絶大な安心感があります。

DOSモード(緊急起動FD)で起動してFAT域のデータを救出する・・といっても、FDベースではたかが救い出せるデータ量も知れているし、RAID組んでなければ、その前にCD-RやLAN経由でバックアップとっておかなかったらそれで終わりと諦めるのが妥当な時代です。

XPのみならNTFSにしてしまったほうがいいかと。
デュアルブートにして98SE等も使うならばFAT32の方が良いと思います。
＞（近々ロンテック下駄にてCele1.2Ｇに変更）
この下駄は動く場合と動かない場合があるようです。上記組み合わせは12倍ですよね。ちょっと気になりますから事前に情報収集はしておいたほうが良いと思います。

私は安定性(NTFS)より速度(FAT32)を取りました。
遅いHDD(ST310221A)を使用していて、ネットワークも組んでいない、FAT(32)に比べてファイルが壊れにくいというだけで絶対ではない、ということからFAT32を使用しています。

NTFSであれば、ファイルやフォルダ単位でアクセス権等のセキュリティが設定可能ですし、ファイル,フォルダ,領域単位での圧縮も可能です。
また、ファイルを上書き中にハードウエアが原因で落ちたとしても、LOGが更新されない限り上書き前のファイルが生きています。

以前に領域情報が何らかの不具合で消えて、領域内部の全ファイルが消えた時も
「CHKDSK /F」で完全に復旧出来ました。
（以上の事柄は全てNTFS4での事です）

　FAT32が速いといっても、連続した空き容量がふんだんにある場合の書き込み時だけですよ。遅いといっても、更新ログを記録する分だけが遅いだけです。その差もLinuxのext2とext3ほどの差はありません。絶対ではないというけれど、メディア破壊規模の障害やソフトウェアによるファイル破壊を除けば、書き込みが完了しているファイルについては確実に保護されますので、ファイルシステムレベルでの保護としては十分なものです。メディア破壊規模の障害については、RAIDを組んで冗長性を持たした上で定期的にバックアップするしか有効な方法はありませんし、ソフトウェアによるファイル破壊に至っては、バックアップしておくこと以外に有効な手段はないでしょう。
　読み込みや検索については、ＨＤの容量やファイル数にもよりますが、大容量になるほどむしろNTFSの方が速いケースが存在します。
　個人で使用する上でNTFSが便利な点としては、ファイル単位で圧縮属性をつけられることです。アーカイバで圧縮したり、圧縮ドライブに移動しなくても、普通のアプリケーションから読み/書き/実行できる状態で圧縮できるのは、大きな魅力です。もっとも、何十GBytesも空きがあるならあまり意味がないかもしれません。

皆様お返事ありがとうございます。
さくま様互換性とは既存のアプリケーションのことです。NTFSについては
あまり知識がありませんので...。
使っているOSはXPだけなので悩んでしまいますね。
一番気にかかったことは速度がどれだけ犠牲になるかだったので、
助かりました。一つ気にかかるのは
＞（近々ロンテック下駄にてCele1.2Ｇに変更）
この下駄は動く場合と動かない場合があるようです。上記組み合わせは12倍ですよね。ちょっと気になりますから事前に情報収集はしておいたほうが良いと思います。
sa@XP さん　の意見です。（OSコーナーですいません速度に依存するということで
許してください）確かにBIOSでは×10までの設定しかありませんがロンテックの
ページにはＢＨ6での1.2セレ動作報告があります。
この件に詳しい方は互換機掲示板に新カキコしますので情報をお願いします。

>互換性とは既存のアプリケーションのことです。
了解した。つまり既存のアプリケーションに対してファイルシステムを
ＦＡＴからＮＴＦＳに交換して問題ないかという意味だね

ディスク管理ツールのようなソフトはＯＳのファイルシステムをバイパスして
ファイルを直に扱う事があるため、対応しないことがある。
しかし、普通のアプリケーションはファイルを直には扱わないからＮＴＦＳに
切り替えても問題ない。

ＮＴ系のファイル圧縮は、ディスクスペースの節約というよりディスクＩＯにかかる時間を短縮する、という意味合いが強いです。
つまり１ＧＢのファイルをそのまま書き込むより、８００ＭＢに圧縮したほうがデータ量が少ないので速くなるというのです。
データの圧縮・復元にはＣＰＵパワーを喰いますが、近年のＣＰＵなら無視できる程度です。
また、ＮＴ系のファイル圧縮はWin9x系のものより信頼性が高いですから、ＮＴ系ではドライブごと圧縮をデフォルトにしています。
もう何年も何台も、ドライブごと圧縮を使いつづけていますが、トラブルは全くありません。

>普通のアプリケーションはファイルを直には扱わないからＮＴＦＳに
>切り替えても問題ない。
と、思ってたんですけど、そうでもない普通とも思えるアプリケーションは存在するようです。
私は持ってませんが。

NTFSだと、ファイルエントリの任意書き込みが出来ないので、システムドライブと
テンポラリ性の強いドライブはNTFSにしてますが、データドライブはFATに
してますね。
Windows時代になってからは、ファイルエントリの書き込みに対応したファイラーが
あまりないし、ファイラー自体使わない人も多いので、
「ファイルエントリの書き込みってなによ？」
とか言われそうですが（笑

FAT、NTFSというファイルシステムレベルの話ではないですが。

互換性？の面から少し言うと、xpに切り替えると意外と出てくる問題としてxp対応していない市販系アプリだとwin9xとは規定ファイルの置き場所のルールがちょっと違っていたりします。お気に入りやMyDocumentの位置など。決められた方法でMyDocumentフォルダの位置を取得するようにしていないでMyDocumentフォルダをc:My Documentとか決め打ちしてしまっているソフト(Win9x系のみ対応のソフトに多い、9xのみ対応なんだから仕方ないことだけど)だと細かいところで色々と問題が出てきたりはします。ここらへんは、xp対応バージョンにアップグレードしたりとか、ダメな場合は多少の不便はあっても割り切って使わないとならないケースもあります。

このへんはファイルシステムの話ではなくてアプリ自体の作りの問題ですが一応。

なので、以前から私はWin2000/NTに正式対応している市販ソフトを選んでいますし、安価に製作できるとはいえ対応していないソフトを多くラインアップする企業の製品はあまり買いたい＆薦めたくなかったりします。(ソースネクスト製品とか)

>そうでもない普通とも思えるアプリケーションは存在するようです。
普通のアプリケーションでファイルシステムに依存するというのは妙だね
具体的には何か、教えてくれるとうれしい。
アプリケーションを特定のファイルシステムに依存するように作ると、それだけ限定した条件でないと使ってもらえない訳で、有料ソフトなら、その分市場を狭めるし、そうでないソフトでもユーザー数が少なくなるから評価を返してもらえるチャンスが減るから、得策じゃないと思う。
それでもあえてファイルシステムに依存するように作る理由が、知りたいな。

>あえてファイルシステムに依存するように作る理由

アクセス権限の管理が必須の業務用アプリでは、インストーラーが意図的に FATファイルシステムを弾くようにしていることはありますよ？

＞具体的には何か、教えてくれるとうれしい。
ジャストシステムのインターネットディスクがそうですね。
Ｗｉｎｄｏｗｓ２０００、ＸＰのＮＴＦＳで問題があったらしいです。
最新のインターネットディスクは対策されました。
つい２ヶ月ほど前だったような？
#もちろん不具合らしいですが

>>アクセス権限の管理が必須の業務用アプリ

それって"普通の"アプリではないんでわ? (^^;

NTFSだとハードリンクが張れるんで・・・とかあまり意味ないですね(笑)
FAT16/32が速いっていったってベンチマークテストするために
パソコン使ってるわけじゃないし。普通に使ってて体感できるほどの違いが
あるんなら、そりゃー大変でしょうけど。(^^;;;

>それって"普通の"アプリではないんでわ? (^^;

う〜ん、

>>ディスク管理ツールのようなソフトはＯＳのファイルシステムをバイパスしてファイルを直に扱う事があるため、対応しないことがある。
>>しかし、普通のアプリケーションはファイルを直には扱わないからＮＴＦＳに切り替えても問題ない。

とありますが．．．？

余計な一言、すみません。申し訳ない。
話の筋をろくに読まずに書いてしまって・・・気を付けます。
消した方がいいですか?

>ジャストシステムのインターネットディスクがそうですね
貴重な情報ありがとう。
たしかインターネットディスクっていうのは、ユーザーのＰＣのローカルディスク
とジャストシステム側のサーバーのディスクを同期させているので、その関係で
ＮＴＦＳでのアクセス権の設定によっては問題が発生するかも（推測だけど）
それから、ＮＴＦＳの仕組みについては
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/experiments/defragment/defragment_column.html
が参考になると思う。

McBenieさん：
>消した方がいいですか?

自分的には別に全然構いませんよ〜。(^^
（むしろ、変にお気を使わせてしまいまして、済みません．．．）

明けまして、おめでとう、今年もよろしくです。久しぶりに見に来ました。
ついに、念願のＷ２０００を入れました、凄ーーく嬉しいです。
馬力の無い？セルロン５５０＆メモリ６４ＭＢの　ノートＰＣで最近使ってます。
ＮＴＦＳが、良く解らないのに、選択して、失敗続きのインスートールを
連続三回苦戦して、３２時間寝ずに、やっとどうにか動くように成りました。
ＭＥのリカバリの用にすんなりいくのかと、思ってたのが、トラブル続きで大変でした（笑）
どうやって動くように成ったのかも、覚えてません（笑）嬉しいです。
使いかた違うＷ２０００の勉強します。　安定性はすごーーーくいいですね。
起動と読み込みとかが、Ｗ９８とかＭＥより凄く遅くなりましたが、フリーズはしません。
納豆みたいに良く粘ってくれます、ＭＥかわずに最初から２０００買えばよかったと
後悔してます。ＸＰにはドライバも無いし、本体が対応してないようです。
早速、さくま さん　が紹介してくれてるとこに見に行って見ますね。
Ｗ２０００の新しい機能がしりたかったので、大変嬉しいです。
いまだに検索へたな、やれやれです。　今年もよろしくお願いします。

私が見たのはNetMD関連ソフトなんだけど、ずっと探してもみつからん。
#不具合解消でもしたんか?

インストール、おつかれさまでした。新しいOSの導入は苦労しますね。
けど、それをやってもよかったと思える環境になると思います。

＞セルロン５５０＆メモリ６４ＭＢの　ノートＰＣで最近使ってます。

うーん、64MBは苦しいですね。せめて計128MB〜192MBにしておきましょう。動きが断然違ってきますし、Win2000はWin9xと違って、メモリ増設した効果をしっかりと返してきてくれます。できれば256MBがいいですね。

＞起動と読み込みとかが、Ｗ９８とかＭＥより凄く遅くなりましたが、フリーズはしません。

本体のハードがACPIに対応していれば(多分、大丈夫だと思いますけど)、休止状態というものを積極的に使いましょう。休止を使うと電源OFF、復帰も素の動作よりは早くなりますよ。
電源ボタンを押すと休止するという設定にしてもいいでしょう。慣れるともう手放せないし、いちいちWindowsを終了させるWin9xには戻れなくなりますよ！

Win2000の圧倒的な安定性を体感してみてください。

＞ＭＥかわずに最初から２０００買えばよかったと後悔してます。

それは確かに感じるかも。
どうしても一般向けにWin2000を展開しなかったのか？不思議でなりませんが。(^^;

余計なことかもしれませんが・・・・・

他の方の立てたスレッドで関係ない話題を展開するのは止めた方がいいと思いますよ。
（NTFSとそれに関するアプリケーションの話題はいいでしょうけど）
無駄にスレッドが長くなるし、過去ログ検索に悪影響を及ぼすこともあるでしょう。

それと用語等は正確に書くようにした方がいいでしょう。検索時に役に立ちません。