Windows98起動ディスクで起動して、fdisk /actok で起動、メニューの5で、増設したほうの装置選択します。そこで 2の アクティブ を選んで下さい。

しかし、「WindowsXPを認識せず止まる」というのが具体的にどんな段階でのどんな現象なのか書かないと、的を得た回答は得られないと思います。アクティブの件と関係ないかもしれません。

それは98とXPでデュアルブートにしていた、ということですね。
それだと立ち上がらないのは当然ですXPはNTベースなのでHDDのアクティブ
は関係ありません。98SEの入っているHDDのルートにあるBOOT.INI等
のNT系OSの起動に必要なファイルが見つからないために起動しなく
なったのです。もし98SEが残っているならNTLDR、NTDETECT.COM、
BOOT.INI、もしあれば NTBOOTDD.SYSをXPの入っているHDDのルート
にコピーしてやれば動くはずです。ただしこれだと不具合が起きる
可能性がありますのでXPの修復セットアップをすることをお勧めします
CDブートかMSで配布しているFDからのセットアップディスクを作成
すれば出来るはずです。

Jokerさんの通りだとすると、増設した側のドライブの WindowsXPの区画は、「基本区画」でなく「拡張DOS区画」のFATで確保されているような気がするのですが、そうすると再度 基本区画で割り当てするところから始めないとダメではないでしょうか。

あと、逆質問になりますが(^^;、デュアルブートでなく単独でWindows2000,XPを入れてある基本区画が、非アクティブになっている場合でも、起動できるのでしょうか？。

追加です。
XPをセカンダリにつけていた、とのことですのでブートドライブレター
の関係上起動しない可能性が高いです。
ですので修復セットアップが確実でしょうね。
＞まりもさん
　どうでしょうか・・・（汗）私はW2Kをデュアルブートでしか使ったことがないので
　わかりませんが、OSの性質上できると思います。ただ、NTLDRなんかを読むときに
　アクティブになっていないとだめかもしれません。
　最も普通はインストール時にアクティブになるので市販のツール（DriveImage等）
　で設定してみないとわかりませんね。
　ちなみにデュアルブートの場合は非アクティブでも問題なく立ち上がります。

まりもさん　Jokerさん　早速の回答ありがとうがざいます。

早速　修復セットアップをこころみます。
ありがとうごさいました。

また初歩的な質問で申し訳ないのですが（汗、Windows2000修復セットアップで、
１．Windows2000起動ドライブレターを変える（変わる）ような修復
２．拡張区画にあったものを基本区画に変更
などということはできるんでしょうか？。デュアルブートで、Windows2000を入れてあるパーティションの順序が変わる場合くらいしか、修復できないような気がするのですが…。

１というのは別のドライブレターにして起動したい、ということですか？
それだけでW2Kが正常に起動しているなら修復セットアップ無しでも可能です。
例をあげると（ＣとＤを入れ替えます）
1.起動しなくなった場合に備え、必要なデータをバックアップします。
2.Administrator でログオンします。
3.[スタート]−[ファイル名を指定して実行] から Regedt32 を起動します。
(Regedit でないことに注意して下さい。)
4.HKEY_LOCAL_MACHINE SYSTEM MountedDevices を開きます。
5.MountedDevices キーを選択した状態で、メニューバーの [セキュリティ]−[アクセス許可] をクリックします。
6.Administrator に対して、フルコントロールの許可があることを確認して下さい。
許可がない場合は、フルコントロールに許可を与えて下さい。
7.Regedt32 を終了し、[スタート]−[ファイル名を指定して実行] から Regedit を起動します。
8.HKEY_LOCAL_MACHINE SYSTEM MountedDevices を開きます。
9.DosDevicesC: を選択し、F2 キーを押して名前を DosDevices: などに変更します。
10.DosDevicesD: を選択し、F2 キーを押して名前を DosDevicesC: に変更します。
11.9. で変更した DosDevices: を選択し、F2 キーを押して名前を DosDevicesD: に変更します。
12.Regedit を終了します。
13.6. でアクセス許可を変更している場合は、Regedt32 を起動して元に戻します。
14.Windows 2000 を再起動します。
これで起動ドライブがＣからＤに移ります。
ただし起動ドライブのレターを変更した場合、起動ドライブにインストールされている
アプリはまず起動しなくなります（特にOffice、私はドツボにはまりました）
他のパーティションにインストールしてある場合ならディスク管理でレターを変更してやれば
すぐに直りますがブートパーティションにインストールしてしまったものは最悪
アンインストールさえ出来なくなるのでブートドライブのレターを変更する場合は
ブートパーティションにインストールされているアプリはアンインストールしてから
行ってください。
ちなみに２の場合は修復セットアップでは不可能ですパーティションマジックなり
ドライブイメージなりを駆使してやってください。

おぉ、Windows2000の起動ドライブのドライブレター変更、レジストリを直接いじることでできたのですか。Windows NT4のときは強引にディスクアドミニストレータで可能でしたが、2000で不可能になって困っていたところでした。Windows9xの起動ドライブのドライブ文字を変更する（PC-98の場合ですが）に比べると、いじる箇所が少なくて簡単そうですね。

そうすると、りんごさんの場合、増設ハードディスクのWindows2000が
１．「基本区画」の「非アクティブ」な領域にある
２．「拡張区画」にある
の場合のいずれかで対処が異なってきそうですね。１．の場合は、修復セットアップののちに　ＤドライブなWindows2000として今後も起動することになるのか、はたまたレジストリ変更でＣに直さないといけないか分かりませんが、ともかく修復できそうですね。 ２．だと、一旦別の媒体なり領域なりに完全なバックアップ（その方法自体が問題ですが）をとってから、基本領域で確保しなおしたうえで、完全にリストアして、そこで修復セットアップすることになるでしょうか。それだと大変ですのでセットアップし直すほうが楽かもしれませんが…。

WINDOWSの詳しいカスタマイズや疑問点は
ウィンドウズ処方箋、というサイトにいけば
大概のことは分かります（私も最初はずいぶんお世話になりました）
直リンはまずいでしょうから、サイト名をGoogleで検索すれば
すぐに出てきます。一度は訪れてみると良いと思いますよ

Windows.FAQ - ウィンドウズ処方箋 ： http://homepage2.nifty.com/winfaq/
もしくは http://homepage2.nifty.com/winfaq/
「各トップページへはご自由にリンクして頂いてかまいません。」
とあるからいいでしょう。
また、「FAQ を特定できる URL にリンクして頂いても結構です。」
ともあります。

WinFAQ、久しぶりに覗いてみましたが、9821に固有の問題（しかもあまり一般的でないカスタマイズの）となると、よく判らない点が多いです。実験してみるしかなさそうです。

　みなさま　参考になる御回答あいがとうごさいます。
No.8でまりもさんが答えていただいた回答の「2」にあたります。
やはり一から基本領域を設定しなおして再インストールした方が
よさそうですね・・・