問題のエラーが出たときのメッセージを書いてみます。

例外 0D が VXD VMM(0F) + 0000044E の 0028:C024144E で発生しました。
現在の(以下略)

だいたい、このエラーが出るときは0028のあとの８桁の数字はだいたい同じ
くらいの数値(上４桁が同じ)なのですが、関係はあるのでしょうか。

http://dnakama.nothing.sh/cancer/
↑にヒントが…
現状、ＰＣ−９８ではＮＴ系ＯＳしか対応していないようです。

別のマシン(Xv20/W30+K6-2/400MHz＠N2下駄)でWindows 98で最新版Agentが稼働
している実績があるのでSEでも大丈夫かと思ったのですが・・・。
やはりWindows 98で稼働させておこうかと思っています。SP1どうしよう・・・。

NV4等のクロックマルチプライヤ下駄を使っているときに、例外エラーが頻発するときは下駄の位相の変更をしてみましょう。
UD Agent等のアプリケーションが悪さをすることも考えられますが、下駄を使っている場合はそちらを疑ってみるのもひとつの解決方法ですね。
それまで問題なく動作していても、ある日突然位相が狂ってしまうことは事実ありますので。

ひとつでも、可能性を減らすためにUDはインストールしないでおきましょう。
どうせ、WIN９８では動きませんし・・・
UDいれずにその現象が出るのなら、UDのことはすっぱり忘れられるし

あ〜それと、再起動時だけなんですかね？一回目の起動時は何ともないのですか？
CPUがへばってきて、定格で起動できない可能性もあるのでは？（クロックをすこしだけ落としてみるのも手かも）

＞バイザーさん

オークションで購入したばかりのマシンですので位相設定などは全くさわっていませんが、
これを機にダメモトで少しいじってみます。

＞toshiさん

上にも書きましたが、PC-98x1上のWindows98でもUD Agentは動作します。
実際、うちのXv20でも動作していますし、
http://www.color-guide.com/ud/
にも、動作する旨書かれています。(SEに関しての記述はありませんが)
ちなみに、SEをインストールした後、UDAを入れなくても例外が出ましたのでUDAは全く
関係がないように思えてきました。初回起動時でも出るので、CPUがへばっている可能
性も低いと考えています。

>例外 0D が VXD VMM
VMMだからメモリを疑うのが本筋かな？

うちでは　V133 + Win98SE で UD Agent が動作しています。
一応 動作報告です(^^;

なので　皆さんが言っておられるように UD ではなく 下駄の位相設定に一票:D

>例外 0D が VXD VMM

１．ドライバが悪い。(可能性大)
　Vxd系のカーネルモードで動作しているドライバの中にバグがあるものが紛れ込んでいるだけではないでしょうか？ 起動時に読み込まれるドライバであれば、大抵いつも同じようなアドレスにロードされます。
　バグありドライバによるＯＳの不安定をＯＳのせいにされたらたまらないということで、ＭＳの外郭団体による(ドライバを含む)ハードウェアのWHQL認定制度が存在しています。ME/2000/XPでドライバをインストールする際に表示される署名がないという警告は、この認定を受けていないドライバをインストールしようとしているという警告です。ＭＳとしては、動作保証できないので自己責任で使用してくれということです。
　もう、ある程度やっているようですが、最新版ではなく安定動作版のドライバが必要です。ＣＰＵとの相性もあるので注意が必要です。

２．ＣＰＵによるデータ化け（可能性は低い？）
　機体に標準装備されているＣＰＵ用に設計されているマザーボードに、そのマージンを利用する形で別のＣＰＵを載せているわけですから、どうしても無理があります。以前は動作していても経年劣化による特性の変化で動作しなくなることがあるようです。

３．メモリチップの物理破損
　単に不安定になっているだけなら、HIMEM.SYSによるテストでは問題がないように見える場合もあります。この場合には、筐体内の掃除をしてメモリボードを指しなおすと安定する場合があります。
　それでもダメなら、実装する順序を変えたりして、どのメモリーボードに不良があるか特定してから、メモリーボードを取り外し、必要であれば交換するしかないでしょう。
　

私もバイザーさんの仰る位相関連だと思いますが原因の切り分けの為に元のCPUでの検証等段階を追って原因を探りましょう。
一度にあれこれやっていると何が原因か解らなくなるので、、
もっともN3以降の下駄はPCIなボードなどとも相性が出たりするので切り分けも難しいんですけどね。
下駄の設定で倍率等変更したり部品構成変えながらその都度位相を煮詰めないと安定しない事はMMX化掲示板でも多く語られています。＜つまり個体差によるので過去ログでも安定する設定はバラバラとなっています。

レス遅くなって申し訳ありません。
過去にダウンロードしたデータからSP1をどうにか探し出し、Win98+SP1の環境で
動作させてみたところ、起動から12時間くらいたった今でも例外も出ず安定して
動いています。うちのマシンとSEでは相性が悪いのだろうと割り切ってこのまま
使おうと思います。
レスくださった皆様、ありがとうございました。