バックアップ関連のソフトウェアはフリーウェア・シェアウェア共に沢山ありますね。
私がよく使っているのはまりもさん作の「DRVCPY」です。動作が速いので快適です。
フリーソフトの物にはDOS上で動作する物が多いので、MS-DOSの基本的な知識が必要になりますのでご注意下さい。

何回か再インストールなさっているようですが、なぜそんなに行うのでしょうか？
何かしらのトラブルがあるのかな？バックアップも必要ですが、OSその他の使い方を吟味してみるのも必要かもしれませんね。
Windows9x系のOSでもセッティングをしっかりして使い方を誤らなければそんなに不安定になることはないと思います。
再セットアップの時間短縮に関しては様々な方法がありますので、一度ネットの検索やここの過去ログ検索等で先人の方々のお知恵を拝借すると良いでしょう。
＃まぁ基本的には慣れれば作業は速くなりますけどね。

恐らくは基本環境を構築してそれをバックアップしておきたいのだと思いますが、そのような場合はシステムのドライブとデータドライブを分けて構築すると便利かもしれません。
私の場合はOSのシステムを入れるパーテーションと、アプリケーションやデータを入れるパーテーションを別々にしてあります。
もしもシステムが壊れるようなトラブルがあっても比較的復旧は楽だと思いますし、データのみのバックアップ等の管理も簡単です。
よく使うユーティリティーやアプリケーションをCD-R等に焼いてインストールしやすくするのもひとつの手ですね。
この辺のマシン環境の構築方法は人によってアプローチが違いますので、いろんな意見等を参考になさって自分なりの環境を構築すると良いでしょう。

ご回答ありがとうございました。
（１）ＤＲＶＣＰＹ検索してみます。
（２）再インストールが多いのは、初心者のためと考えます。
セーフモードで解決する力ありません。一例をあげますと、ロジクールのＳＭ−３３ＨＢというマウスをシリアルポートにつけたとき、ダウンしセーフモードでしか起動しなくなり
再インストールしました。
（３）マシン環境の構築方法は、最近はじめて考えなければとおもっています。
いまのところＡドライブとＢドライブの使い分けしていません。

今後もよろしくお願いします。

市販ソフトでPC-9821対応ですと
B.H.A 社の B'sCrew 1.5 for Windows がありますね。
http://www.bha.co.jp/

リスクヘッジ2000・・・と思ったら販売終了しちゃってますね。（汗）
買おうと思ってたのに、しくじったかも。。(^^;;