スレッドが過去ログに流れてしまったようなので、自己レスですが、新規で起こします。
OutputExpressのフォルダーの中身が時々消えてしまい困っていたのですが,どうやら
原因はVirusScan4.5.1とOutputExpressの組み合わせで発生するとの事です。
ＯＳはWindows2000Professionalに限るようなので、自宅の98SEマシンでは発生して
いなかったようです。
VirusScanのホームページで、WbHook32.DLLの修正版が入ったvsc451_hotfix.zip
が公開されているようですので、同じ環境をお持ちの方は、対応をおすすめします。