たしかWindows2000でピュアなDOSディスクを作るにはＣＤのなかにあるツールにふくまれるDOSを使わないとダメだったような・・・（ちょっと特殊）
あとBIOS更新用にピュアなDOSが必要ならWeb上にフリーDOSがあるようです
名前は忘れたんですがそのまんまの名前かも（＾＾；
雑誌などで紹介されてたんですが詳細は忘れてしまいました〜
詳しい方ホロ〜お願いします〜

ここをご覧ください。
http://homepage2.nifty.com/winfaq/w2k

>あとBIOS更新用にピュアなDOSが必要ならWeb上にフリーDOSがあるようです
>名前は忘れたんですがそのまんまの名前かも（＾＾；
そのまんまの名前のFreeDOSと他にOpenDOSがあります。
OpenDOSはWindows2000上でDOS起動フロッピーを作れました。

以下はその手順です。（長いです）

（１）ＷＥＢサイト「DR-DOSによるDOS/V環境の構築」
http://euc.jp/os/drdosv.ja.html
のリンク先からDR-DOS 7.02のLITEのＦＤイメージ版（DDRL702.EXE）
をダウンロードします。

（２）これをＨＤＤ上に適当なフォルダを作って、コピーして実行します。
すると以下のファイルが展開されます。

LDISK03.144
LDISK02.144
LDISK01.144
MAKEDISK.EXE
MAKEDISK.INI
DISKCOPY.COM
MAKEDISK.TXT

（３）空の２ＨＤのフロッピーを１枚用意し、通常フォーマットしておきます。

（４）スタートメニューの「ファイル名を指定して実行（Ｒ）」
をクリックし、［参照］ボタンをおして、（２）で作ったフォルダを開き
DISKCOPY.COMをダブルクリックします。
コマンドラインオプションとして
　LDISK01.144　A:
を追加記述します。

（例）　フォルダ名がC:OPENDOSなら

C:OPENDOSDISKCOPY.COM　LDISK01.144　A:

という表示になります。

（５）［ＯＫ］ボタンをクリックします。
するとコマンドモードの窓が開き
Insert the DESTINATION disk in drive A:
and press a key to continue
というメッセージがでます

（６）この段階で（３）で用意したフロッピーを入れてＥＮＴＥＲキーを押します。
しばらくフロッピーにディスクアクセスをして
Make a copy of another disk? (Y/N)
のメッセージがでたら、Ｎキーを押してコマンドモードは終わります。

これでOpenDOSの起動ディスクができました。

もっと、簡単な方法があったら、教えてください。

どの起動ディスクか分かりませんが、手当たり次第。掲載記事の受け売りです(^^;
○起動ディスクをWin2000の環境で作成する方法（Win98ならば「フォーマット」→「起動専用」で簡単に作成が可能）
　1.　CD-ROMドライブ（以下、ドライブレターがQと想定して進める）にWin2000セットアップCD-ROMをセット。1.44MBでフォーマット済みのFDをFDDにセット。
　2.　「スタート」メニュー→「プログラム」→「アクセサリ」と開き「コマンドプロンプト」を起動。コマンドプロンプトに「Q:」と入力して［Enter］。
　3.　「cd valueadd3rdpartyca_antiv」と入力して［Enter］。「makedisk a:」と入力して［Enter］。警告が表示されるが［スペース］キー等を押すとイメージファイルの書き出しがスタート。書き出しが終了したら「×」ボタンを押してコマンドプロンプトを閉じる。
　4.　「3.5インチFD」を展開して「MSDOS.SYS」「IO.SYS」「COMMAND.COM」以外のすべてのファイルを削除。これでMS-DOS起動ディスクの完成。
　これはウイルスチェックソフト「InoculateIT AntiVirus AVBoot V1.1」をFDDに書き出す作業を応用したもの。市販のウイルスチェックソフトを持ってない場合はこれ自体に利用価値があるのでステップ1〜ステップ3までを実行して作成しておくと便利。ステップ4はこのウイルスチェックソフトを削除するための作業。
○緊急用起動ディスク（修復セットアップ無しでHDD上に残っているWin2000を起動するためのディスク）
　Win2000でフロッピーディスクをフォーマットし、Cドライブのルート（C:）にある以下の5つのファイルをコピー
boot.ini ／ bootfont.bin ／ bootsect.dos ／ ntdetect.com ／ ntldr
○セットアップ起動ディスク（セットアップ画面を表示するためのディスク／再セットアップに必要）
　Win2000CD-ROM内の「BOOTDISK」フォルダにある「MAKEBT32.EXE」を実行。コマンドプロンプト上でウイザードが開始される。

TENさんの情報に補足です。

のんのんさんのお使いのマシンはPC-98でしょうか？AT互換機でしょうか？

もしPC-98ということであれば、まず、
「○起動ディスクをWin2000の環境で作成する方法」は使えないっぽい感じなので
注意してください。
＃PC-98版のWin2000Discに入っているAntiVirusも、AT版のものと
＃(インストーラーイメージやインストールデータイメージDOS6.2部分が)変わらない様です。
＃もしPC-98で問題なく使えた方はぜひ教えてくださいませm(__)m。

また、「○セットアップ起動ディスク」の場合、「BOOTDISK」フォルダの下に
さらに「NEC98」フォルダがあり、その下の「MAKEBT32.EXE」を実行する必要があるので
こちらも注意が必要になります(PC-98版のWin2000Discにて)。
＃PC-98用の起動ディスクイメージなら「CDBOOT1.IMG」の中で「PC-98」「PC-9800」という
＃文字が検索で掛かりますのでこれで判別できます。

のんのんさんはAT互換機ですね
PC/AT互換機掲示板に「USBがおかしい」でBIOSの更新方法がわからないとあったので
そのためにピュアなDOSが必要なために投稿されたんだと思います（たぶん）