ＮＥＣ版のMS-DOS6.20でしたら、ＰＣショップで頼むと取り寄せてくれます。
ＰＣ／ＡＴ互換機版は、わかりませんが。

win95 98の起動ディスクもシステムディスクとして使えるようです
95のＤＯＳモードで3.1を起動していたことがありました。

お使いのパソコンは何でしょうか？
PC-98シリーズかAT互換機かで入手方法が変わってきます。
AT互換機なら、IBMのサイトからHDD診断ツールをダウンロードすれば、必要最小限のPC DOSが含まれているセットがありますから、Windows 3.1のインストールにはなんとか使えるかもしれません。

>ＰＣ／ＡＴ互換機版
PC-DOS Ver.7のリビジョン１（ＰＣ−ＤＯＳ２０００）なら売ってると思いますがＤＯＳソフトで動かないのが有るかも（adddevなんかは７以上だめでした。たしかCD起動できます）。
DR-DOSならあれにパワークウェストのソフトについてる物も有りますが。（DLはできなくなったらしい？）

>DR-DOS
カルデラには無くなったみたいですが7.03(最新版？)はココにあります。
ftp://ftp.lineo.com/pub/drdos/DR-DOS.703/
DISKイメージなので展開用FDが5枚必要です。
ただ日本語機能が全く無い(ツールはあるらしい)です。Win3.1の組み合わせだとクラッシュする問題がありましたがこれも改善されたのかどうか私は知りません。
高くは無いのでPC-DOS2000を買う方が良いかと思います。

アウトレットショップに大量にあったと記憶してます。
日本橋ですが。
#それ以前に新品も在庫があったような。

FreeDOSはどうでしょう？
PC-98版もありますよ
Win3.1が動くとは思えませんが（汗

PC9800用のMS-DOSでWindows3.1が動くのは、
MS-DOS7.0(Win95OSR1)までだったと思います。
MS-DOS7.1(Win95OSR2〜Win98SE)では確かだめだったような…。
FAT32に対応した辺りから確かだめになっていました。
まぁMS-DOS6.2を購入するのが一番だとは思いますが(^^;)

ＰＣ９８２１Ｎｄなのですが。ＣＤドライブなしです。
ＣＤステーションとかいう奴を買ったところＯＳないと使えなくて。
よくＰＣのことわからなくてご迷惑かけております。

Yahoo!オークションに、いっぱいありますよ〜。

函館にお住まいのようですので９８００用ＤＯＳ６．２をＰＣshopで取り寄せるか通販してくれるshopで買うかにょさんの言うようにオークションとかに行くかですね。
秋葉ですとラオックスのザ・コンピューター館（で良かったっけ？）には在庫が有りました。

NEC直販、121@storeで購入する手もあります。
いまなら、6.2はもちろん5.0Aや3.3Dまでも揃っています。
http://121ware.com/
ここから探してください。

2ヶ月程前に、日本橋のIOSYSというお店にPC-98用のMS-DOS3.3Dを見かけました。
もちろん新品です。

秋葉原には、露天商が昔のＯＳやアプリを売っている
みたいな記述が過去ログのどこかに書いてあったような
記憶があるのですけど、
日本橋にもそんなのが存在してたらいいな。

>露天商
居てますよ。思いっきり怪しいオジさんが。
某たこ焼き屋の隣でちょこちょこやってます。
ただし、正規版かは調べていません。

皆様真にありがとうございます。
ご丁寧に説明してくださって。感謝しております。