上の「掲示板管理人からのお知らせ」を良く読みましょう。
きっと解決できるはずです。

>起動CDから作ったFD
こういう書き方をするということはコンパネのアプリケーションの追加と削除で作った起動ＦＤということでしょうか？
でしたら、うろ覚えですがCD-ROMを認識させるAUTOEXEC.BAT,CONFIG.SYSの記述はまったく無かったはずですし、ドライバの類もFDに入ってなかったはずです。
Win95インストール時に作るFDもCD-ROMを認識させられなかったような...
解決方法は過去ログでも参照してください。
いっぱい出てきます。

Ｗｉｎｄｏｗｓ９５起動ディスクではＣＤ−ＲＯＭの認識の機能はありません。
Ｗｉｎｄｏｗｓ９５セットアップディスクがあればそのフロッピーがＣＤ−ＲＯＭを認識できます。

・お使いのPC-98のCD-ROMは標準品でしょうか？
標準品なら、PC-98本体に付属していた「セットアップ起動ディスク」
にてCD-ROMは認識するはずです。
「セットアップ起動ディスク」紛失の際はNECより購入しなければなりません。
PC-98のWindows95は本体を選びますので専用の「セットアップ起動ディスク」が必要です。
CD-ROMが換装品なら「セットアップ起動ディスク」をバックアップし
そこに換装品CD-ROMのドライバを入れ、Config.sysを書き換える必要があります。

・PC-98は起動したドライブがAドライブに割り当てられます。
　従って、FDDから起動すれば当然、FDDが「Aドライブ」となります　（＾＾；

＞PC-98のWindows95は本体を選びますので
チョッと変でした。　（＾＾；
PC-98の「セットアップ起動ディスク」がCD-ROMドライブと本体を選ぶんですね。

＞上の「掲示板管理人からのお知らせ」を良く読みましょう。
きっと解決できるはずです。

全く意味が分かりません。質問に対する回答なんでしょうか。
具体的にどの項目を読めば解決できるのか易しく教えて下さい。

to 裕司 さん
ログ検索しましょうってことでしょ。

＞＞上の「掲示板管理人からのお知らせ」を良く読みましょう。
＞全く意味が分かりません。

■2000/12/31、Microsoft が Windows95 の販売を終了しました。( → NEC版情報。但し、一部OEM版は除く)

　この部分ではないでしょうか？
　お知らせの文面を読むだけでなく、リンク先の情報も読む必要があります。

　追加。
　PC-9821と一口に言ってもたくさんの種類があります。
　型番とプリインストールされたOSがあったかどうか、OSの種類は何か、購入時の付属ディスク類で欠品しているものがあるかどうか、換装した部品があるかどうか、こうしたことを書いておかないと、的確な回答が得られないことの方が多いです。
　PC-9821というのが、98MULTi（いわゆる無印9821）であれば、型番の件は無視してください。

・質問記事を投稿しようと思う前に、便利な「新・どるこむ過去ログ検索」＆「どるこむ最新1ヶ月過去ログ検索」を是非チェックしてみて下さい♪
・質問する際に、「機種名」「OS(対象アプリ)名」「現象」「周辺環境」を詳細に書くと、有効な情報が得られやすくなります(^^)。
それ以前にマニュアル見れば良いこと。
トップページのリンクから諸氏のHPに詳細な情報も有ります。
逆に私はこの質問の意味が良く分かりません。

　「過去ログを」「マニュアルを」というのは正論ですが、慣れないうちはなかなか的確な検索ができないものです。「○○をキーワードとして」とか「マニュアルの××の部分を」というようなアドバイスをしてあげてはいかがでしょうか。過去ログには確かに膨大な情報がありますが、膨大すぎます。中には誤った情報もたくさんあります。どれが正しい情報であるかを判断するのは、結構難しいものです。環境によっては、長時間にわたってネット接続できない場合もあるでしょう。

　さて本論ですが、本体の型番とかインストールしようとしているWin95の形態（プリインストールか製品版か）、本体付属品の有無、増設の有無、などを詳しく書いていただかないと的確なアドバイスができないのは、他の皆さまの指摘しているとおりです。状況が具体的にわかれば、的確な過去ログ検索法についても、よいアドバイスがえられるでしょう

　少し状況を推察してWin95のプリインストールされた機種だとすると、再インストールには「本体に付属していたインストールディスク（ＦＤ）」と「バックアップＣＤ」を使って行うことになっているものが大部分です。ただCD-ROMを認識するだけでは、うまく再インストールできるとは限りません。