MBMというすばらしいツールがフリーで公開されています。
http://elm-chan.org/fsw/mbm/mbm.htmlこれを使えばCドライブを切り替える形でのマルチブート環境が構築できます。
現在のあつきさんの環境(窓2000はそのまま)に導入する場合、具体的には、
1)現在のDドライブは論理ドライブだと思うので、窓2000の「ディスクの管理」で一旦これを開放して、プライマリパーティションで確保し直します。これでプライマリパーティションが2つ出来たことになります。
2)Me(または窓98)の起動ディスクを使い、FDISKを立ち上げます。プライマリパーティションが複数存在する場合、アクティブパーティションを選択する項目が出るので、こちらで、これからMeを導入するパーティション(現在のDドライブ)をアクティブにしてやります。
3)これで、CドライブとDドライブが入れ替わった形になるので、このままMeをインストールします。
4)Meをインストールした後、最初で紹介したMBMを導入します。これで、各々がCドライブで立ち上がる形でのマルチブート環境が構築できます。
こんな感じになると思います。
MBMの導入方法の詳細については添付のドキュメントを読んでください。
また、少々情報が古いですが、MBMを使ったマルチブート環境の構築については、
http://elm-chan.org/fsw/mbm/mbm.html↑こちらのページが詳しいので一読しておくのをお奨めします。