Windows98のＣＤと起動ディスクさえあれば可能なはずです
アップグレード版でインストールすると途中でWin９８のCDを求めてくるはずですから

過去ログを見るとわかると思いますが、Win98SEには
・通常製品版
・Upgrade製品版
・OEM版　[←PC-98向けOEM版は一般には出回っていない]
・(Win98ユーザー用)UpdateCD-ROM　[←これをUpgrade版と呼んでいる人もいるので注意]
があり(まだ他にもあるかもしれませんが)、この中で上の２つであれば、
PC-98でもWin98SEをクリーンインストールが可能です。
＃かめさんが書かれている通り、Upgrade製品版の場合は途中でWin98のCD-ROM挿入を要求されます

OEM版は大抵AT互換機向けのもので、その場合使用許諾の問題以前に
PC-98用のインストールモジュールが入っていませんし、
UpdateCD-ROM(1000円程度で配布されていたもの)をクリーンインストールしようとすると
途中で「UpdateすべきシステムにWin98が入っていない」といった旨のメッセージが出てインストールができません。