HDDの内容を全て消す事は可能ですが、リカバリーディスクもしくは、製品版のPC-98に対応したフルパッケージ版のWINDOWSはお持ちでしょうか？もしこれらが無い場合は、パソコンを立ち上げる為に必要なOSが消えてしまう事になるので、せっかくのPCが単なる箱に成りかねませんので、要注意です。
WINDOWS起動時に　f・8　キーを押し選択画面で　コマンドプロンプトのみ　を選択し、フォーマットしたいドライブが、Aドライブなら、format a: とする事でフォーマットは出来ます。高速フォーマットをしたいときは、これに　/q　を　起動用として使うためにシステム転送をしたいときは、　/s　をそれぞれ付け足してください。例：format a: /s /q　と言う感じに。その他のオプションに付いては、　format /?　でヘルプが出てきますのでそちらを参照してみてください