＞２０００をＳＰ−１とＳＰ−２にアップグレードしたところ、次の不具合が起きました。
＞（１）　起動メニューでＡドライブを選択すると、画面に何も表示されず、ハードディスクも
＞アクセスされないという「なしのつぶて」状態になります。電源を切るしかありません。
Win2000はPC-98式の所謂「マルチブート」(所謂同一パート内のデュアルブートではなく)の
正常動作を保証していませんので、最初にWin2000を(Bドライブに)インストールし、
その後でWin98SEを(A:ドライブに)インストールすると言う方法でマルチブートを実現しても
ServicePackに含まれる修正内容に、結果的にブート関連を再チェックするようなFIXが
存在すれば、こう言う可能性があるのかもしれません。
＃思うに、ServicePack2をリリースするにあたって、わざわざSP-2のリリースノートに
＃http://www.microsoft.com/Japan/support/kb/articles/J059/4/77.HTM　を
＃更新して掲載したのは、ここら辺への先手対策なのかも…(勝手な想像です)(^^;;;。
どういうFIXがSP-2(SP-1含む)に入っているのかを確認したい場合は、こちらをどうぞ。
http://www.microsoft.com/Japan/support/kb/articles/J059/4/77.HTM

後は、Aドライブの(起動)ファイルの状況を確認してみるといいかもしれません。

＞（２）　２０００を起動し、シャットダウンを選択すると、設定内容の保存などのおきまりの処理を行った後、
＞「なしのつぶて」状態になって、自動的には電源が切れません。
うーん、断定はとても出来ませんが（１）の現象とは分けて、Win2000上での
問題、と考えた方が良いのかも知れません…。

1に関してはSYSコマンドでシステム転送すると復活するかもしれません。
DEN_EIさんも仰られていますが、Windows2000においてはPC-98のマルチブートに関する
動作保証はないようで、当方でも何回かWin2000インストールやSP1当ての際に同一マシン上
のWindows98が起動不可に陥ったことがあります。以前こちらでも話題になっていましたね。

２に関しては私もWindows2000上の問題だと思います。恐らくSP2による不具合ではないかと・・
（はっきりとはわかりませんけどね。当方でSP2を当てたマシンはヒドイ状態になったもので・・・）

マスターブートレコードおよび起動メニューに余計な(9821に関係ない)情報が書き込まれるので起動できなくなる、と考えているんですが、どうなんでしょうね。

> ＃http://www.microsoft.com/Japan/support/kb/articles/J059/4/77.HTM
> Windows 95 または Windows 98 を Windows 2000 にアップグレードすると他のオペレーティング システムが起動しなくなる場合があります。
これをやったら、io.sys, msdos.sys, command.com, himem.sys, win.com などのファイルを大量に削除された上に、PIF ファイルも書き換えられましたが、SP を当てるだけでも同じ事が発生するのでしょうかね。ウィルスまがいの SP なんて恐くて入れられません。
何か上手い対策はないかな？

》何か上手い対策はないかな？

まりもさんの DRVCPY でWin'98領域のバックアップをとってから SP1 を導入。
その後にリストアってのはどうでしょうか？

＞io.sys, msdos.sys, command.com, himem.sys, win.com などのファイルを大量に削除
うわっ、ブートレコードとか言う以前に、ドライブ内のシステムファイル根こそぎでしたか…。これって、PC/AT版でのdual bootのために行なうわけですが、そんなのが残っているというのは、PC-9821用にちゃんと移植しきれてない証拠ですね。

＞マスターブートレコードおよび起動メニューに余計な(9821に関係ない)情報が書き込まれるので起動できなくなる、と考えているんですが、どうなんでしょうね。
どうなんでしょう…起動メニューで、BOOT可能なドライブとして扱われているのにも関わらず、
Win9xが起動しない、と言う現象が多いみたいなので、MBRではないのかもしれませんね。

＞＞io.sys, msdos.sys, command.com, himem.sys, win.com などのファイルを大量に削除
＞うわっ、ブートレコードとか言う以前に、ドライブ内のシステムファイル根こそぎでしたか…。
＞これって、PC/AT版でのdual bootのために行なうわけですが、そんなのが残っているというのは、PC-9821用にちゃんと移植しきれてない証拠ですね。
クリーンインストール時にはブートドライブが強制的にCドライブになってしまう辺り、
移植チームがなんとか動作する所までにしか持っていけてないのかもしれませんね。うーん……。

＞ウィルスまがいの SP なんて恐くて入れられません。
＞何か上手い対策はないかな？
＞まりもさんの DRVCPY でWin'98領域のバックアップをとってから SP1 を導入。
＞その後にリストアってのはどうでしょうか？
SPを当てる直前に(Win2000上からWin98ドライブの)バックアップ＆
SPを当てた直後に(Win2000上からWin98ドライブの)リストアというのは
有効かもしれませんね(^^)。
ただ、Win98全領域をバックアップする必要はないと思いますので、影響のありそうな
ファイル(ルート/Winディレクトリのシステムファイル等)を割り出して、
同じWin98ドライブ内にバックアップディレクトリを作り、拡張子を一時的に変えて
バックアップしておく(リストア時には元に戻す)ようなツールがあればいいかも知れません(^^;。

>まりもさんの DRVCPY でWin'98領域のバックアップをとってから SP1 を導入。
全領域をバックアップするのはちょっと無駄が多いかも。
ドライブをスリープにしてうまくいくのなら楽なのですが、実際にはスリープにしてあっても破壊されるようです。
パーティションテーブルをいじる程度で何とかできないかな？

スリープにしても探してきて破壊するのでは、ちょっとお手上げですね…。物理的に
Windows9xのドライブを見えなくするしかないでしょう。あるいはパーティション
テーブル上で完全に消去し、その後復活させるかですが、余計なことをするぶん危険…。
ついでですから、バックアップ／コピーを取っておくというのでよいかもしれません。

　うーん、難しい。
　結局、長い長い時間をかけてこうしました。
１．Ｗｉｎ２００００のＳＰ２をアンインストール。
　　しかし、不具合は解消されず。
２．Ｗｉｎ２００００のシステムツールで、Ｗｉｎ９８ＳＥのドライブをまるごとバックアップし、フォーマット後にリストア。
　　しかし、９８を立ち上げると、ＤＯＳプロンプトでとまる（以前、起動ディスクと同じconfig.sysとautoexec.batをコピーしてＷｉｎ９８をインストールしたため）。
　　￥ｗｉｎｄｏｕｓ￥ｗｉｎをコマンド入力すると、しばらくＨＤにアクセスして、「ＶＦＡＴが‥‥」のエラー表示とともにそのまま固まる。
３．ＤＯＳプロンプトからＷｉｎ９８と９８ＳＥを再インストール。
　　これで、ＴＡＢを押しながら電源を入れれば、起動メニューが立ち上がり、正常に起動するまで回復しました。
　もっとよいやり方があるのかもしれませんが‥‥。やれやれという感じです。

>スリープにしてあっても破壊されるようです。
なお私自身が確かめたわけではないので本当にそうなのかは分かりません。
思いがけず SP2 が手に入ったのですが、インストールすべきかちょっと迷っています。

>結局、長い長い時間をかけてこうしました。
Win9x が破壊された場合は、再インストールするしかないと思います。

》全領域をバックアップするのはちょっと無駄が多いかも。

ファイルとしてバックアップするのであれば未使用クラスタはバックアップの
対象外だったはずです。＞drvcpy
ですので実際の使用量だけのファイルが策せされます。

Windows9xのSWAPファイルを予め消してからバックアップ取ると良いですね。